Thái Lan bước vào kỳ đại hội lần này với hàng loạt biến động thượng tầng. Việc thay đổi Chính phủ gần ngày khai mạc khiến ngân sách cho SEA Games 33 bị đình trệ. Nhiều hạng mục hạ tầng tại Chonburi và Songkhla chỉ được hoàn thiện ở mức tối thiểu. Cùng lúc, tình hình lũ lụt lịch sử tại miền Nam và cái chết của Hoàng Thái hậu Sirikit đã khiến không khí lễ hội bị hạn chế. Ban tổ chức cũng thiếu hụt nhân sự vận hành chuyên nghiệp tại các điểm thi đấu xa trung tâm thủ đô Bangkok.

Căng thẳng ngoại giao giữa nước chủ nhà và Campuchia leo thang đỉnh điểm ngay trong đại hội. Sau những lo ngại về an ninh, đoàn thể thao Campuchia đã đưa ra quyết định chưa từng có, rút toàn bộ VĐV về nước và rời đại hội sau lễ khai mạc chỉ một ngày.

Điều này khiến một số nội dung thi đấu võ thuật và thể thao đồng đội bị ảnh hưởng do không đủ số lượng đội tham dự tối thiểu theo quy định.

Tại lễ khai mạc trên sân Rajamangala tối 9/12, hệ thống đồ họa trên màn hình LED khổng lồ đã hiển thị sai lệch bản đồ địa chính trị của khu vực. Cụ thể, hình ảnh bản đồ Việt Nam xuất hiện mà không có đảo Phú Quốc, và hai quần đảo Hoàng Sa, Trường Sa.

Ngay sau sự cố, Ban tổ chức đã phải gửi công văn xin lỗi tới đoàn Việt Nam, giải thích rằng đây là lỗi kỹ thuật của đơn vị thuê ngoài.

Công tác lễ tân liên tục gặp sự cố về quốc kỳ và quốc thiều. Trong trận bóng đá nam giữa Việt Nam và Lào ngày 3/12, ban tổ chức sân đã không thể phát bản Quốc ca Việt Nam do lỗi ổ cứng máy tính điều khiển âm thanh. Cầu thủ và CĐV hai đội đã phải hát quốc ca không có nhạc, khiến ban tổ chức phải gửi lời xin lỗi.

Vài ngày trước đó, chủ nhà đã mắc sự cố về cờ của trận Thái Lan - Indonesia ở bảng A môn bóng đá nữ, trong phần lịch đấu ngày 4/12. Phía thiết kế lấy nhầm cờ Indonesia thành Lào, còn Thái Lan thành Việt Nam.

Sự cố hy hữu xảy ra tại nội dung bơi ngửa, khi hệ thống cờ dây báo hiệu đặt sai khoảng cách quy chuẩn 5 m so với thành bể. Trong tư thế ngửa, kình ngư không thể nhìn về phía trước, nên ban tổ chức treo cờ bơi ngửa trên một dây ngang để báo hiệu vị trí sắp đến đoạn quay đầu hoặc về đích, giúp VĐV điều chỉnh nhịp bơi và sải tay.

Do tin tưởng vào dấu hiệu này, kình ngư Thái Lan, Indonesia và Malaysia trong lượt bơi chung kết 100m ngửa đã không kịp giảm tốc, dẫn đến việc đập đầu mạnh vào thành bể khi thực hiện động tác quay đầu.

Ở điền kinh, HC bạc 400m nam Tạ Ngọc Tưởng không được công nhận kỷ lục quốc gia, sau khi ban tổ chức xác nhận hệ thống tính giờ gặp lỗi ở các nội dung chạy ngày 12/12. Trên sân Supachalasai, VĐV Việt Nam về nhì với thời gian 45 giây 53, kém Joshua Atkinson (Thái Lan) 0,40 giây. Cả hai thành tích đều tốt hơn kỷ lục SEA Games (46 giây).

Thông số này cũng giúp Ngọc Tưởng vượt kỷ lục Việt Nam 45 giây 59 do chính anh lập trước đó. Tuy nhiên, sau kiểm tra, ban tổ chức cho biết hệ thống tính giờ không đạt chuẩn của Liên đoàn điền kinh thế giới (WA), nên thành tích không được công nhận để xét kỷ lục hay chuẩn dự giải quốc tế. Thứ hạng và huy chương không bị ảnh hưởng.

Môn pencak silat liên tiếp vướng tranh cãi liên quan công tác trọng tài. Ngày 15/12, đoàn Malaysia phản ứng dữ dội sau khi võ sĩ Nor Farah Mazlan bị xử thua VĐV chủ nhà Thái Lan ở tứ kết hạng 55kg nữ, dù trận đấu kết thúc với tỷ số hòa 60-60. Cho rằng điểm số có phần thiên vị, các thành viên Malaysia đã tranh cãi gay gắt, dẫn đến xô xát và có hành vi tấn công trọng tài, buộc lực lượng an ninh can thiệp.

Sang ngày 16/12, Liên đoàn pencak silat Thái Lan cáo buộc võ sĩ Việt Nam Nguyễn Minh Triết "nằm sàn để gây áp lực trọng tài" trong trận bán kết hạng 65kg nam gặp Muhammad Izzul Irfan Marzuki (Malaysia). Theo phía Thái Lan, cú đánh không phạm luật và chấn thương không nghiêm trọng; Minh Triết bị xử thua do không thể tiếp tục thi đấu.

Trận chung kết bóng đá nữ tối 17/12 chứng kiến sai sót vô lý của trọng tài biên. Nguyễn Thị Bích Thùy bay người đánh đầu ghi bàn đẹp mắt, nhưng trọng tài người Lào Phutsavan Chanthavong lại căng cờ báo việt vị. Pha quay chậm cho thấy Bích Thùy đứng trên hậu vệ cuối cùng của Philippines khoảng 2 m.

Do môn bóng đá SEA Games 33 không áp dụng công nghệ VAR, các quyết định này không thể thay đổi.

Tại bán kết bowling đơn nam, VĐV Trần Hoàng Khôi bị yêu cầu dừng trận đấu dù đang dẫn sâu và chuẩn bị thắng đối thủ chủ nhà Napat Buspanikokul. Ban tổ chức thừa nhận ghép cặp nhầm, khiến Hoàng Khôi phải đấu lại từ đầu với VĐV Philippines Jesus San Jose. Đại diện Việt Nam chấp nhận quyết định và thắng San Jose để vào chung kết, nơi Hoàng Khôi tái ngộ Napat và đoạt HC vàng đầu tiên cho bowling Việt Nam tại SEA Games.

Liên đoàn bowling Thái Lan giải thích sự cố xuất phát từ lỗi kỹ thuật trong khâu ghép cặp, do Liên đoàn Bowling châu Á phụ trách. Dù gây tranh cãi, vụ việc khép lại sau lời xin lỗi từ phía chủ nhà.

Vụ gian lận tại thể thao điện tử cũng gây chấn động Thái Lan và khu vực. Tuyển thủ nữ Warasin Naraphat, biệt danh Tokyogurl, bị truất quyền thi đấu vì vi phạm nghiêm trọng quy định kỹ thuật. Hiệp hội Thể thao điện tử Thái Lan (TESF) xác nhận nữ xạ thủ của đội Liên Quân Mobile đã sử dụng phần mềm bên thứ ba không được phép trong trận gặp Việt Nam ngày 15/12, vi phạm Điều 9.4.3 Sổ tay Kỹ thuật.

Phần mềm này bị cho là tự động chụp màn hình và gửi dữ liệu ra ngoài để can thiệp vào thi đấu. Sau khi Thái Lan thua Việt Nam 0-3, nghi vấn gian lận lan truyền trên mạng xã hội, được bộ phận chuyên môn kiểm tra và báo cáo lên ban tổ chức. Kết quả xác minh dẫn đến án kỷ luật cao nhất dành cho Warasin. Do bê bối này, TESF quyết định rút toàn bộ đội Liên Quân Mobile nữ khỏi SEA Games.