Sau khi tốt nghiệp Đại học Y dược Cần Thơ (2004), bác sĩ Phạm Công Khánh tiếp tục tham gia đào tạo Bác sĩ nội trú và Bác sĩ Chuyên khoa I (2008), Thạc sĩ Y học (2010), Tiến sĩ Y học (2021) tại trường Đại học Y dược TP HCM. Hiện, TS.BS Phạm Công Khánh là một trong những chuyên gia hàng đầu tại Việt Nam với 18 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực Tiêu hóa, đặc biệt về Ngoại Tiêu hóa - Gan mật, Nội soi tiêu hóa chẩn đoán & can thiệp…
1. Quá trình đào tạo

1998 - 2004: Bác sĩ Y khoa, Đại học Y dược Cần Thơ
2005 - 2008: Bác sĩ nội trú Ngoại tổng quát, Đại học Y dược TP HCM
2005 - 2008: Bác sĩ Chuyên khoa I Ngoại tổng quát, Đại học Y dược TP HCM
2010 - 2012: Thạc sĩ Y học, Đại học Y dược TP HCM
2014 - 2021: Tiến sĩ Y học, Đại học Y dược TP HCM

2. Chứng chỉ chuyên môn
2.1 Chứng chỉ Ngoại tiêu hóa - Gan mật

Điều trị thoát vị, Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM (2008)
Phẫu thuật nội soi nâng cao: sỏi đường mật, Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM (2008)
Phẫu thuật nội soi cắt tuyến giáp, Viện nội tiết Trung ương (2010)
Chẩn đoán và điều trị ung thư tế bào gan, Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM (2011)
Ung thư đại trực tràng: quan điểm nạo hạch và điều trị đa mô thức, Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM (2016)
Chẩn đoán và điều trị ung thư đại trực tràng, Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM (2017)
Điều trị ung thư đại trực tràng, Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM (2018)
Ung thư trực tràng: Tiến bộ trong chẩn đoán và điều trị, Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM (2020)

2.2 Chứng chỉ Nội soi chẩn đoán và can thiệp

Nội soi dạ dày, Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM (2008)
Nội soi đại tràng và nội soi điều trị, Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM (2008)
Nội soi tiêu hóa, APSDE (2010)
Advanced therapy endoscopy, REI Vietnam (2011)
Train the Trainer in Colonoscopy, AIG, Hyderabad, India (2013)
Nội soi mật tụy ngược dòng, Bệnh viện Chợ Rẫy (2015)
Nội soi chẩn đoán và điều trị ung thư dạ dày sớm, Đại học Y dược TP HCM (2016)
Cập nhật kiến thức Nội soi chẩn đoán và điều trị ung thư dạ dày sớm, Đại học Y dược TP HCM (2016)
From Basic to advanced ERCP and EUS, APSDE - VFDE (2016)
ANBIG NBI, ANBIG - VFDE (2016)
Advances in diagnostic and therapeutic endoscopy, Nagoya University - UMC (2017)
Nội soi siêu âm, EUS TAP - VFDE (2017)
Nội soi siêu âm cơ bản, VFDE - Bệnh viện Chợ Rẫy (2018)
Siêu âm nội soi cơ bản, VFDE (2018)
Therapeutic endoscopy (POEM & ESD), APSDE (2018)
An toàn bức xạ, Viện ứng dụng công nghệ thông tin và bức xạ (2020)

2.3 Chứng chỉ Quốc tế

Phẫu thuật nội soi cắt dạ dày, Đại học Y khoa Oita, Nhật Bản (2011)
Chẩn đoán và điều trị ung thư sớm dạ dày - đại trực tràng bằng kỹ thuật cắt dưới niêm mạc (ESD), ERCP, EUS, Đại học Y khoa Nagoya, Nhật Bản (2017)
Nội soi mật tụy ngược dòng, siêu âm nội soi, Bệnh viện Đại học Y khoa Chulalongkorn, Siriraj, Rajavithi, Bangkok, Thailand (2018)
Fellowship về siêu âm nội soi (EUS) - Hiện tại là bác sĩ nội soi duy nhất tại Việt Nam được đào tạo chuyên sâu về kỹ thuật này, Đại học Y khoa Chulalongkorn, Bangkok, Thailand (2019)
Surgical skill education, Hepatobiliary and Pancreatic surgery, Medical Korea Academy (2021)
Surgical skill education, Gastrointestinal surgery, Medical Korea Academy (2021)
Surgical skill education, Colorectal surgery, Medical Korea Academy (2021)
Endoscopic skill education, Medical Korea Academy (2021)
Siêu âm nội soi can thiệp nâng cao (Advanced EUS), Thabo Crown Prince Hospital, Thabo, Nong Khai, Thailand (2022)
Basic Surgical skill education, Hepatobiliary and Pancreatic surgery, Medical Korea Academy (2022)
Advanced Surgical skill education, Hepatobiliary and Pancreatic surgery, Medical Korea Academy (2022)
Basic Surgical skill education, Gastrointestinal surgery, Medical Korea Academy (2022)
Advanced Surgical skill education, Gastrointestinal surgery, Medical Korea Academy (2022)
Surgical skill education, Colorectal surgery, Medical Korea Academy (2022)
Endoscopic skill education, Medical Korea Academy (2022)

2.4 Chứng chỉ quản lý

Quản lý cấp trung, PACE (2014)
Giám đốc nhân sự (CHRO), PACE (2020)
Quản lý cấp phòng (tương đương quản lý cấp cao), Viện Y tế Công cộng TP HCM (2021)
Quản lý bệnh viện, Đại học Y dược TP HCM - Sở Y tế TP HCM (2021)

2.5 Chứng chỉ Đào tạo - Nghiên cứu khoa học

Thực hành y học chứng cứ, Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM (2008)
Nghiên cứu khoa học và viết dự án, Viện Karolinska (Thụy Điển) phối hợp với Đại học Y dược TP HCM (2010)
Cách viết đề cương trong nghiên cứu khoa học, Hội Y học TP HCM (2011)
Cách viết bài báo khoa học, Đại học Y dược TP HCM (2011)
Phương pháp nghiên cứu khoa học, Viện Y tế Công cộng TP HCM (2014)
Đào tạo giảng viên nội soi, APSDE - VFDE (2016)
Bồi dưỡng nghiệp vụ sư phạm, Học viện Quản lý giáo dục (2020)
Phương pháp giảng dạy và lượng giá lâm sàng dựa trên năng lực, Đại học Y dược TP HCM (2021)
2011 - nay: Bác sĩ tham vấn Ngoại khoa và Nội soi, Bệnh viện Đại học Y dược Hoàng Anh Gia Lai
2008 - 2015: Bác sĩ điều trị, khoa Ngoại Tiêu hóa - Gan mật, Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM
2008 - 2015: Giảng viên Trung tâm huấn luyện Phẫu thuật nội soi (Laparoscopic surgery), Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM
2008 - nay: Giảng viên và quản lý chương trình đào tạo Trung tâm huấn luyện Nội soi, Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM
2015 - nay: Phó Trưởng khoa Nội soi, khoa Nội soi - khoa Ngoại Tiêu hóa - Gan mật, Bệnh viện Đại học Y dược TP HCM
2018 - nay: Bác sĩ tham vấn và thực hiện kỹ thuật cao về nội soi (ESD, ERCP), Bệnh viện Hoàn Mỹ Sài Gòn
2020 - nay: Bác sĩ tham vấn về Nội soi, Bệnh viện Quân Y 7A - Cục Hậu cần Quân khu 7
01/2023 - nay: Bác sĩ tham vấn và thực hiện kỹ thuật cao về nội soi (ESD/ERCP) tại Bệnh viện Becamex Bình Dương.