Tiến sĩ, bác sĩ Phạm Nguyên Quý hiện là bác sĩ điều trị tại Khoa Ung thư nội, Bệnh viện Trung ương Kyoto Miniren; nghiên cứu viên tại Khoa Y, Đại học Kyoto.

Anh cũng là đồng sáng lập và Trưởng dự án Y học cộng đồng, một tổ chức thiện nguyện thành lập từ năm 2012 với hơn 300 bác sĩ, nhân viên y tế và cộng tác viên với mục tiêu nâng cao dân trí y tế của người Việt.