Ngày 20/11, ông Chung cùng Dũng, cựu cán bộ Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về kinh tế, tham nhũng, buôn lậu (C03, Bộ Công an) bị Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đề nghị truy tố về tội Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước, theo khoản 3 điều 337 Bộ luật hình sự 2015. Khung hình phạt 10-15 năm tù.
Cùng tội danh, tài xế riêng của ông Chung là Nguyễn Hoàng Trung và Nguyễn Anh Ngọc, 46 tuổi, cựu phó trưởng Phòng Thư ký biên tập Văn phòng UBND Hà Nội bị đề nghị truy tố theo khoản 1. Khung hình phạt 2-7 năm tù.
5 tháng trước vụ án Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước được khởi tố. Hành vi của 4 bị can xảy ra trong quá trình Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an điều tra về sai phạm của Công ty Nhật Cường.
Ngày 14/5/2019, Bộ Công an khởi tố vụ án Buôn lậu, Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng, Rửa tiền, Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại Nhật Cường và một số đơn vị liên quan.
Ông Chung bị xác định liên quan vụ án nên thông qua trung gian làm quen với bị can Dũng - người được trưng dụng để hỗ trợ điều tra vụ án Nhật Cường. Ông Chung đề nghị Dũng thu thập thông tin liên quan và "nắm thông tin về hướng điều tra" liên quan vợ chồng ông, nhà chức trách cáo buộc.
Cơ quan điều tra cho rằng từ tháng 7/2019 đến 6/2020, Dũng 5 lần chiếm đoạt 9 tài liệu mật; nhiều lần photo tài liệu ngay tại cơ quan và mang về nhà. Có lần, Dũng đột nhập phòng làm việc của một trưởng phòng C03 bằng chìa khoá đánh trộm trước đó.
Với các tài liệu này, Dũng ba lần cung cấp 12 tài liệu cho ông Chung, trong đó hai lần cung cấp 6 tài liệu mật vào các ngày 25/8/2019 và 10/6/2020.
Trong vụ án chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước này, ông Chung bị xác định có vai trò chủ mưu, cầm đầu. Ba bị can còn lại là đồng phạm giúp sức. Cả bốn bị cáo buộc là cán bộ từng công tác trong các cơ quan bảo vệ pháp luật, am hiểu pháp luật và các nghiệp vụ về đấu tranh phòng chống tội phạm nên có thủ đoạn "hết sức tinh vi", lợi dụng công nghệ để xoá dấu vết, che giấu.
Quá trình điều tra, ông Chung thừa nhận, khai báo rõ hành vi phạm tội. Đánh giá trong thời gian công tác, ông Chung nhiều lần được khen thưởng thành tích xuất sắc, được phong tặng danh hiệu Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân thời kỳ đổi mời, có tiền sử bệnh ung thư, cơ quan điều tra đề nghị xem xét giảm nhẹ hình phạt khi truy tố, xét xử.
Với những bị can còn lại, nhà chức trách xác định đều thành khẩn, ăn năn, tích cực hợp tác. Bị can Trung một lần nhận ba tài liệu mật và chuyển cho bị can Anh Ngọc in ra giấy. Từ tài liệu in ra, Trung chuyển lại cho ông Chung.
Dịp Tết nguyên đán 2020, bị can Dũng đã nhận của ông Chung 10.000 USD, thông qua Trung. Số tiền này Dũng thông qua gia đình đã nộp lại cho cơ quan điều tra. Cơ quan An ninh điều tra tách hành vi này và dấu hiệu trộm cắp tài sản của bị can Dũng ra để xử lý sau.
Ngày 28/8, ông Chung bị Bộ Công an đã khởi tố, tạm giam 4 tháng để điều tra cáo buộc phạm tội Chiếm đoạt tài liệu bí mật Nhà nước. Ngày 25/9, HĐND Hà Nội bãi nhiệm chức danh Chủ tịch thành phố với ông Chung.
Ngoài vụ án này, ông Chung còn bị điều tra trách nhiệm liên quan vụ án xảy ra tại Công ty Nhật Cường và vi phạm quy định về quản lý sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí xảy ra tại UBND Hà Nội và các đơn vị liên quan.