Tiền thân là một cửa hàng sửa chữa điện thoại, thương hiệu Nhật Cường Mobile xuất hiện từ năm 2001 với cửa hàng đầu tiên ở 33 Lý Quốc Sư, quận Hoàn Kiếm, thuộc sở hữu của Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ kỹ thuật Nhật Cường (sau đây gọi tắt là Nhật Cường). Tổng giám đốc, kiêm người đại diện theo pháp luật của Nhật Cường là ông Bùi Quang Huy, 46 tuổi, chủ sở hữu 90% vốn công ty.
Hồ sơ tại Sở Kế hoạch và Đầu tư thể hiện, Nhật Cường kinh doanh thiết bị và linh kiện điện tử, viễn thông, sản xuất điện thoại di động, dịch vụ cầm đồ và bán vé máy bay. Sau nhiều năm hoạt động, Nhật Cường mở hơn 20 cửa hàng trên toàn quốc, vào top 5 nhà bán lẻ điện thoại hàng đầu.
Sáng 9/5/2019, 9 cửa hàng bán lẻ điện thoại tại Hà Nội và một trung tâm bảo hành của Nhật Cường Mobile đồng loạt bị khám xét. Bộ Công an khởi tố vụ án Buôn lậu và Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng. Chuỗi cửa hàng Nhật Cường Mobile ngừng kinh doanh từ đó tới nay.
Ngày 14/5, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an khởi tố Bùi Quang Huy cùng 8 người, song anh ta đã bỏ trốn từ khi các cửa hàng bị khám xét. Tháng 9/2019, Huy bị Tổ chức Cảnh sát hình sự quốc tế đưa vào danh sách truy nã đỏ theo đề nghị của Việt Nam. Sau hơn một năm, việc truy tìm chưa có kết quả.
Bộ Công an cáo buộc Bùi Quang Huy cầm đầu đường dây nhập lậu thiết bị điện tử quy mô lớn, giấu doanh thu hàng nghìn tỷ đồng. Tổng giám đốc Nhật Cường bị khởi tố về bốn tội: Buôn lậu, Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng, Rửa tiền, Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an có văn bản đề nghị Chủ tịch UBND Hà Nội Nguyễn Đức Chung phối hợp cung cấp thông tin, tài liệu liên quan để phục vụ điều tra. Huy còn bị cáo buộc đã sử dụng tiền do phạm tội mà có để đưa vào Công ty Nhật Cường và Công ty TNHH Giải pháp phần mềm Nhật Cường (Nhật Cường Software).
Ra đời không lâu, Nhật Cường Software đã góp mặt vào nhiều dự án về công nghệ thông tin của Hà Nội như dữ liệu dân cư, phần mềm lưu trú trực tuyến...; thực hiện 7 gói thầu mua sắm thiết bị công nghệ thông tin; là một trong 63 đơn vị cung cấp dịch vụ phần mềm cho Hà Nội.
Phạm vi điều tra của vụ án không còn ở Nhật Cường mà mở rộng sang một số đơn vị của Hà Nội. Tính tới 13/8, nhà chức trách đã khởi tố tổng cộng 28 người. Trong đó, một số người từng giữ chức vụ của thành phố, bị điều tra về tội Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng, gồm: ông Nguyễn Văn Tứ, Chánh Văn phòng Thành ủy; bà Phạm Thị Thu Hường, Chánh Văn phòng Sở Kế hoạch và Đầu tư; ông Nguyễn Tiến Học, cựu phó giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư; bà Phạm Thị Kim Tuyến, Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh, Sở Kế hoạch và Đầu tư.
Đánh giá các sai phạm là "nghiêm trọng, phức tạp", tháng 11/2019, Thường trực Ban chỉ đạo Trung ương về phòng, chống tham nhũng đã đưa vụ án vào diện theo dõi, chỉ đạo.
Việc điều tra liên tiếp xác định thêm nhiều người có liên quan. Trong tháng 7, anh trai của Bùi Quang Huy bị bắt. Vài ngày sau, lái xe riêng của Chủ tịch Nguyễn Đức Chung là Nguyễn Hoàng Trung và ông Nguyễn Anh Ngọc, Phó trưởng Phòng thư ký biên tập thuộc Văn phòng UBND Hà Nội bị khám xét nơi làm việc trước khi có quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can.
Bộ Công an công bố ông Ngọc và tài xế Trung bị khởi tố, tạm giam với cáo buộc "chiếm đoạt tài liệu mật" xảy ra tại Công ty Nhật Cường. Hành vi này được tách riêng thành vụ án Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước. Người thứ ba liên quan vụ án này là cán bộ công an - Phạm Quang Dũng, 37 tuổi, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về kinh tế, tham nhũng, buôn lậu (C03, Bộ Công an)
Ngày 11/8, Chủ tịch Chung bị Thủ tướng đình chỉ công tác 90 ngày để phục vụ "điều tra trách nhiệm có liên quan trong một số vụ án". Cùng ngày, Bộ Công an thông tin ông Chung "liên quan ba vụ án", trong số này có hai vụ án nêu trên.
Vụ án thứ ba là Vi phạm quy định về quản lý sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí xảy ra tại UBND Hà Nội và các đơn vị liên quan. Tuy nhiên, Bộ Công an chưa công bố thông tin chi tiết.