TP Tam Kỳ có sông Bàn Thạch chảy qua, nội thị nằm phía tây sông, ngoại thị nằm phía đông.
Cầu Vạn Long bắc qua sông Bàn Thạch nằm phía bắc TP Tam Kỳ, nối từ quốc lộ 1 đến khu công nghiệp Tam Thăng. Đường cao hơn 2 m, cầu dài hơn 100 m.
Cách cầu Vạn Long gần 3 km về hạ du là cầu Nguyễn Văn Trỗi. Phía chân cầu là phường Tân Thạnh có một tuyến đê cao 5 m, cả khu vực thoát lũ rộng lớn nay chỉ chảy qua gầm cầu dài hơn 200 m.
Từ cầu Nguyễn Văn Trỗi về hạ nguồn 2,5 km là đường Điện Biên Phủ dài gần 2 km, cao hơn 4 m chạy qua cánh đồng Nhong. Đây là vùng chứa nước lũ nhưng nay phải thoát qua ba cống rộng 3 m và cầu Kỳ Phú dài gần 250 m, cầu Bạch Đằng dài hơn 100 m.
Cách đường Điện Biên Phủ 1,5 km, trên sông Bàn Thạch tại phường Phước Hòa, có cầu Kỳ Phú 1 dài gần 100 m và Kỳ Phú 2 gần 300 m. Giữa hai cầu là đoạn đường dài 200 m được đổ cao 5 m, làm thu hẹp lưu vực thoát lũ.
Đường Nam Quảng Nam cao 4 m, dài gần 2 km.
Đường Võ Chí Công cao 4 m án ngự dòng chảy thoát lũ.
Ngoài các tuyến đường, mỗi khi mưa lũ hồ thủy lợi Phú Ninh xả nước góp phần khiến nội thị Tam Kỳ ngập úng.