Ngày 24/9, ông Chung cùng Võ Tiến Hùng, cựu tổng giám đốc Công ty Thoát nước Hà Nội và Nguyễn Trường Giang, cựu giám đốc Công ty Thương mại Dịch vụ Arktic bị VKSND Tối cao truy tố về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ theo khoản 3 điều 356 Bộ luật Hình sự.
Theo cáo trạng, năm 2016, UBND TP Hà Nội chỉ đạo các đơn vị liên quan cải tạo, khắc phục ô nhiễm nước sông, hồ trên địa bàn bằng cách tìm công nghệ phù hợp. Là người đứng đầu thành phố, ông Chung đề nghị Công ty Watch Water (Đức) nghiên cứu chế phẩm Redoxy-3C để làm sạch nước ao hồ tại Hà Nội.
Ông Chung sau đó chỉ đạo Tổng giám đốc Hùng để Công ty Thoát nước Hà Nội mua chế phẩm qua Công ty Arktic thay vì nhập khẩu trực tiếp từ Watch Water.
Cáo trạng xác định, Arktic có vốn điều lệ 5 tỷ đồng, do Giang nắm 60% cổ phần, một cá nhân khác 40%. Tuy nhiên, cả hai người này đều đứng tên sở hữu cổ phần thay bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa (vợ ông Chung). Bởi vậy Công ty Arktic là doanh nghiệp của gia đình ông Chung.
Theo chỉ đạo của cựu Chủ tịch Hà Nội, Công ty Arktic được độc quyền phân phối chế phẩm Redoxy. Từ năm 2016 đến 2019, Arktic đã ký 15 hợp đồng bán tổng cộng 489 tấn chế phẩm làm sạch nước cho Công ty Thoát nước Hà Nội. Arktic mua lượng chế phẩm này từ hãng Watch Water với giá 115 tỷ đồng sau đó bán lại với giá 151 tỷ đồng, hưởng lợi 36,1 tỷ đồng.
Đây là vụ án thứ ba liên quan ông Chung. Bốn ngày trước, ông bị truy tố trong vụ án can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu tại Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 26,5 tỷ đồng. Tháng 12/2020, trong vụ án đầu tiên, ông bị phạt 5 năm tù do chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước liên quan đến Công ty Nhật Cường.