Ông Chung vừa bị VKSND Tối cao truy tố về tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ theo khoản 1 điều 281 Bộ luật Hình sự 1999. 6 bị can còn lại bị truy tố về tội Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng, theo khoản 3 điều 222 Bộ luật Hình sự 2015. VKS xác định hành vi của các bị can đã gây thiệt hại hơn 26 tỷ đồng.
Theo cáo trạng, từ 2015 đến 2018, Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội thực hiện ba gói thầu số hoá hồ sơ đăng ký kinh doanh trên địa bàn, tương ứng với ba hợp đồng kinh tế. Đầu năm 2016, Sở Kế hoạch và Đầu tư phê duyệt kế hoạch thực hiện gói thầu số hóa và quyết định tổ chức đấu thầu rộng rãi. Tổ chuyên gia được thành lập do bị can Phạm Thị Kim Tuyến (Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh) làm tổ trưởng với nhiệm vụ xây dựng và đánh giá hồ sơ mời thầu.
Với 4 nhà thầu nộp hồ sơ, Sở Kế hoạch và Đầu tư dự kiến tổ chức mở xét thầu vào ngày 16/5/2016. Chiều tối 15/5/2016, một ngày trước khi đóng thầu, Bùi Quang Huy, Tổng giám đốc Công ty Nhật Cường, đã gửi thư cho Chủ tịch UBND Hà Nội Nguyễn Đức Chung đề xuất ông chỉ đạo Sở Kế hoạch và Đầu tư lùi ngày đóng thầu thêm 2 tuần để Huy giới thiệu một số công ty tham gia đấu thầu, cáo trạng nêu.
Ông Chung sau đó hai lần gọi điện thoại cho bị can Nguyễn Văn Tứ khi đó là Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư yêu cầu đình chỉ gói thầu số hoá năm 2016. Nhận lệnh từ người đứng đầu thành phố, ông Tứ chỉ đạo thuộc cấp tạm dừng triển khai lựa chọn nhà thầu.
Sau khi dừng thầu, ông Chung lại yêu cầu Sở Kế hoạch và Đầu tư lựa chọn công nghệ số hóa cơ sở dữ liệu doanh nghiệp đảm bảo tích hợp với hệ thống dùng chung của thành phố. Công ty Nhật Cường được chọn làm thí điểm việc này.
Ngày 30/7/2016, Huy lần thứ hai gửi email cho ông Chung đề xuất dừng tất cả gói thầu số hoá trên địa bàn Hà Nội để giao cho Nhật Cường thực hiện. Huy cho rằng Hà Nội làm đơn lẻ sẽ không tích hợp được vào hệ thống dùng chung của thành phố.
Thực hiện chỉ đạo của ông Chung, Sở Kế hoạch và Đầu tư làm việc với Nhật Cường Software (một công ty trong hệ thống của Nhật Cường) về thí điểm số hoá hồ sơ doanh nghiệp và giải pháp về đăng ký doanh nghiệp qua mạng. Nhật Cường Software dự kiến số hóa được toàn bộ hồ sơ đăng ký doanh nghiệp trong năm 2016.
Theo cáo trạng, cùng lúc này, Võ Việt Hùng (Giám đốc Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh) biết Huy quan hệ thân thiết với ông Chung nhưng Nhật Cường không có năng lực triển khai dự án số hoá trên nên đã mời hợp tác. Huy đồng ý, liên danh Nhật Cường - Đông Kinh "ra đời".
Cuối năm 2016, sau khi Sở Kế hoạch và Đầu tư phát hành hồ sơ mời thầu sửa đổi, Huy cùng bị can Lê Duy Tuấn và Võ Việt Hùng nhờ pháp nhân của một số công ty làm "quân xanh" để nộp hồ sơ dự thầu cho đủ số lượng tham gia.
Nhật Cường còn ký hợp đồng khống cung cấp và triển khai phần mềm ERP với Công ty TNHH Thương mại Minh Hoa (do bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa, vợ ông Chung, làm giám đốc). Hợp đồng này được đưa vào hồ sơ năng lực phục vụ việc đấu thầu của Nhật Cường.
Đến tháng 12/2016, trước thời điểm mở thầu, Huy thông báo thay đổi tư cách dự thầu, đề xuất đơn vị tham gia đấu thầu là liên danh Nhật Cường - Đông Kinh. Trong đó, Nhật Cường đảm nhận 76% khối lượng giá trị gói thầu, Đông Kinh phụ trách phần còn lại.
Như sắp xếp, liên danh Nhật Cường - Đông Kinh trúng gói thầu số hoá 2016 trị giá 42 tỷ đồng với thời gian thực hiện 265 ngày. Sau khi ký hợp đồng với Sở Kế hoạch và Đầu tư, Huy đã chuyển nhượng 100% công việc cho Công ty Đông Kinh thực hiện với trị giá hơn 29 tỷ đồng. Được Sở Kế hoạch và Đầu tư thanh toán hơn 42 tỷ đồng, Nhật Cường đã chuyển cho Đông Kinh 29 tỷ.
Tương tự với gói thầu số hóa năm 2017, sau khi nhận gần 17 tỷ đồng từ Sở Kế hoạch và Đầu tư, Nhật Cường đã chuyển 11 tỷ cho Đông Kinh theo hợp đồng thoả thuận.
VKS xác định có được hai hợp đồng, Công ty Nhật Cường đều bán lại cho Đông Kinh và hưởng lợi gần 20 tỷ đồng. Trong số này, Huy dùng 9 tỷ đồng để biếu tặng và làm chi phí kinh doanh, 10 tỷ chi cho hoạt động khác của công ty.
Sau khi trừ các chi phí thực hiện hai gói thầu, Đông Kinh có lợi nhuận hơn 6,5 tỷ đồng.
Cáo trạng xác định, ông Chung chỉ đạo dừng gói thầu 2016 là "trái với quy định của luật đấu thầu và lợi dụng quyền hạn của Chủ tịch thành phố", gây ảnh hưởng đến uy tín của Hà Nội.
Quá trình điều tra, ông Chung cho rằng việc yêu cầu ông Tứ dừng thực hiện là đúng thẩm quyền của người đứng đầu Hà Nội và đúng tinh thần của thành phố trong rà soát các dự án công nghệ. Hơn nữa, khi thực hiện gói thầu, Sở Kế hoạch và Đầu tư đã không thực hiện đúng các chỉ đạo của thành phố và các quy định pháp luật.
VKS cho rằng dựa vào các chứng cứ thu thập được, lời khai của ông Chung "không có cơ sở chấp nhận".
Theo VKS, đây là vụ án có tính chất đồng phạm, các bị can đều trực tiếp thực hiện hành vi phạm tội nên có vai trò tương đương nhau. Chủ mưu là Bùi Quang Huy. Tuy nhiên bị can này đang bỏ trốn, cơ quan điều tra đã truy nã và tạm đình chỉ điều tra, khi nào bắt được sẽ xử lý sau.
Ông Tứ cùng các bị can Phạm Thị Thu Hường (Chánh Văn phòng Sở Kế hoạch và Đầu tư), Nguyễn Tiến Học (cựu phó giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư) và Phạm Thị Kim Tuyến (Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh, Sở Kế hoạch và Đầu tư) bị xác định đã can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu. Ông Học còn nhận 100 triệu đồng, Tuyến nhận 30 triệu đồng từ Công ty Đông Kinh.
Hai bị can còn lại của vụ án là Võ Việt Hùng và Lê Duy Tuấn (Giám đốc kinh doanh Công ty Đông Kinh).
Đây là vụ án thứ 3, cựu chủ tịch Hà Nội bị điều tra, truy tố, xét xử. Vụ án đầu tiên liên quan Nhật Cường, tháng 12/2020, ông Chung bị phạt 5 năm tù về tội Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước. Trong vụ án thứ hai, ông Chung bị khởi tố tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ với cáo buộc liên quan sai phạm khi mua chế phẩm Redoxy-3C làm sạch hồ ô nhiễm.