Tàu SE12 xuất phát ga Sài Gòn lúc 15h20 ngày 3/10 và dự kiến về đến ga Ninh Bình vào lúc 6h30 ngày 5/10. Tàu sẽ đón khách tại các ga Sài Gòn, Dĩ An (Bình Dương) và ga Biên Hòa (Đồng Nai), không mở cửa cho khách xuống dọc đường. Hành khách khi xuống ga Ninh Bình sẽ được đưa đi cách ly.
Hành khách lên tàu từng ga được chia theo các toa để tiện cho việc theo dõi lịch trình di chuyển, giảm tiếp xúc, hạn chế đi lại.
Tại ga Sài Gòn, Dĩ An và Biên Hòa, ngành đường sắt tổ chức đo thân nhiệt và kiểm tra thẻ lên tàu, giấy xét nghiệm Covid-19 kết quả âm tính đối với hành khách.
Các toa tàu được phun khử trùng tại ga trước khi sử dụng, nhân viên phục vụ trên tàu, dưới ga đều đảm bảo quy trình chống dịch, có xét nghiệm nCoV và tiêm vaccine.
Đoàn tàu sau khi về đến ga Ninh Bình sẽ được phun khử trùng, các nhân viên trên tàu xuất phát về ga Sài Gòn ngay sau đó.
Trước đó, ngành đường sắt đã tổ chức 6 đoàn tàu chuyên biệt đưa hơn 2.000 hành khách là người dân các tỉnh Hà Tĩnh, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Yên Bái về quê an toàn.