Chiều 21/6, đại tá Vũ Quốc Thắng, Phó Chánh văn phòng Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an (C01), cho biết ông Linh bị truy tố theo khoản 4 điều 354 Bộ luật Hình sự với khung hình phạt từ 20 năm tù, chung thân hoặc tử hình.
Cùng vụ án với ông Linh, C01 đề nghị truy tố Phan Văn Anh Vũ (Vũ "Nhôm") về tội Đưa hối lộ, theo khoản 4 điều 364 Bộ luật Hình sự. Hồ Hữu Hoà, 37 tuổi, làm nghề tư vấn về phong thuỷ tâm linh, bị đề nghị truy tố tội Môi giới hối lộ, theo khoản 4 điều 365.
Theo đại tá Thắng, C01 đã khám xét chỗ ở, nơi làm việc và bắt tạm giam cựu Tổng cục phó Tổng cục Tình báo vào ngày 15/6. Ngày 20/6, C01 ban hành kết luận điều tra vụ án.
Ông Linh bị xác định liên quan hành vi đưa hối lộ của Vũ "Nhôm". Trong bản kết luận điều tra, ông Linh nhiều lần được nhắc đến là người Vũ muốn tiếp cận.
Theo đó tháng 6/2017, khi Bộ Công an khởi tố vụ án Cố ý làm lộ bí mật nhà nước, Vũ nhiều lần bị triệu tập. Muốn tìm hiểu thông tin liên quan đến mình ở vụ án này, qua Hoà, Vũ nhờ kết nối đến Tổng cục phó Nguyễn Duy Linh.
Vũ khai bốn lần thông qua trung gian chuyển tiền cho ông Linh lần đầu tiên 500.000 USD, lần hai 5 tỷ đồng, lần ba và bốn mỗi lần một triệu USD nhưng sau đó đã phủ nhận tất cả. Từ ngày 17/7/2020 đến nay, Vũ nói "chỉ hai lần đưa xì gà, nấm linh chi", những lời khai đưa tiền trước kia là do "bị ép buộc".
Cơ quan Cảnh sát điều tra (Bộ Công an) phủ nhận "ép cung", khẳng định Vũ "vu khống". Việc xác định Vũ có hành vi đưa hối lộ được "căn cứ lời khai tự nguyện ban đầu về việc tiếp cận, đưa tiền...".
Trong kết luận điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra cho hay chưa đủ căn cứ để xử lý ông Linh do chưa làm rõ được túi quà nhận được thông qua một số người là "đồ vật, tài sản gì", giá trị bao nhiêu. Dù vậy, ông Linh là cán bộ cấp cao trong ngành công an, có trình độ hiểu biết pháp luật nhưng vẫn nói chuyện nhiều lần với Vũ khi anh ta đang bị điều tra là có dấu hiệu vi phạm quy định pháp luật và quy định của ngành công an.
Bản kết luận điều tra này khi được chuyển sang VKSND Tối cao đã bị trả về, yêu cầu điều tra lại. Việc khởi tố, tạm giam ông Linh được coi là động thái mới nhất của cơ quan tố tụng trong hơn một tháng điều tra bổ sung.