Trong thông báo ngày 15/6, Bộ Công an cho biết Cơ quan Cảnh sát điều tra đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can với ông Linh. Sai phạm cùng tội danh của ông Linh chưa được đề cập tới. Đại diện Bộ Công an và các đơn vị liên quan từ chối phát ngôn về sự việc.
Nhà chức trách chỉ cho biết các thủ tục tố tụng liên quan vụ án đang tiếp tục được tiến hành.
Đây là động thái mới của nhà chức trách sau khi VKSND Tối cao trả hồ sơ, yêu cầu điều tra lại vụ Phan Văn Anh Vũ (Vũ "Nhôm") bị cáo buộc đưa hối lộ.
Giữa tháng 4, Vũ bị Cơ quan Cảnh sát điều tra (Bộ Công an) chuyển hồ sơ sang VKSND Tối cao, đề nghị truy tố về tội Đưa hối lộ theo khoản 4 điều 364 Bộ luật Hình sự. Liên quan vụ án, Hồ Hữu Hoà, 37 tuổi, làm nghề tư vấn về phong thuỷ, tâm linh, bị đề nghị truy tố tội Môi giới hối lộ, theo khoản 4 điều 365.
Theo kết luận của Cơ quan Cảnh sát điều tra, tháng 6/2017, khi Cơ quan An ninh điều tra (Bộ Công an) khởi tố vụ án Cố ý làm lộ bí mật nhà nước, Vũ nhiều lần bị triệu tập. Muốn tìm hiểu thông tin liên quan đến mình ở vụ án này, qua Hoà, Vũ nhờ kết nối đến ông Nguyễn Duy Linh, Tổng cục phó Tổng cục Tình báo.
Vũ khai lần đầu tiên đã chuyển 500.000 USD, lần hai 5 tỷ đồng, lần ba và bốn mỗi lần một triệu USD, kết luận điều tra nêu. Từ ngày 17/7/2020 đến nay, Vũ thay đổi lời khai và nói "chỉ hai lần đưa xì gà, nấm linh chi". Vũ khai "bị điều tra viên xúi giục, hướng dẫn và sử dụng phạm nhân đánh đập, không cho ngủ, ăn, ép buộc khai theo".
Cơ quan Cảnh sát điều tra phủ nhận "ép cung", khẳng định Vũ "vu khống cho lãnh đạo Cơ quan cảnh sát điều tra thuộc Văn phòng Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an". Việc xác định Vũ có hành vi đưa hối lộ được "căn cứ lời khai tự nguyện ban đầu về việc tiếp cận, đưa tiền...", kết luận điều tra nêu.