Là cao tốc đầu tiên tại miền nam, tuyến TP HCM - Trung Lương dài 62 km, được đầu tư gần 10.000 tỷ đồng, hoạt động từ năm 2010. Năm 2012, Bộ Giao thông Vận tải giao Tổng công ty Cửu Long thu phí song phải đồng thời tìm kiếm nhà đầu tư muốn mua lại quyền thu phí. Việc này nhằm thu hồi vốn, lấy tiền đầu tư các dự án khác.
Việc bán quyền thu phí cao tốc TP HCM - Trung Lương thực hiện bằng hình thức đấu giá. Ông Nguyễn Hồng Trường, Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải là Chủ tịch Hội đồng bán đấu giá quyền thu phí. Trong các thành viên Hội đồng có ông Nguyễn Chí Thành, vụ phó Vụ Tài chính, Bộ Giao thông Vận tải. Lê Trung Cường, chuyên viên Vụ Tài chính, tham gia Tổ Thường trực giúp việc Hội đồng.
Các thành viên Hội đồng bán đấu giá được phân công thẩm định hồ sơ, năng lực doanh nghiệp tham gia đấu giá và chịu trách nhiệm đánh giá kết quả đấu giá.
Lần đấu giá này chỉ có hai doanh nghiệp tham gia. Tháng 11/2013, Công ty TNHH Yên Khánh trúng đấu giá do trả bằng giá khởi điểm được Bộ Giao thông Vận tải đưa ra.
Ông Trường ký quyết định 3743/QĐ công nhận Công ty Yên Khánh là đơn vị trúng đấu giá quyền thu phí sử dụng đường bộ có thời hạn 5 năm từ ngày 1/1/2014, giá 2.004 tỷ đồng.
Lần đầu tiên tại Việt Nam, quyền thu phí có thời hạn một tuyến cao tốc thuộc về một doanh nghiệp dân doanh.
Thời kỳ đó, quá trình đấu giá quyền thu phí dự án TP HCM - Trung Lương được Bộ trưởng Giao thông Vận tải Đinh La Thăng chỉ đạo sát sao. Ông Thăng từng lấy kết quả này để yêu cầu các đơn vị của Bộ phải đôn đốc tìm đối tác muốn mua một số tuyến cao tốc khác như Cầu Giẽ - Ninh Bình, TP HCM - Long Thành...
Nguyên thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường khi đang đương chức. Ảnh: Anh Duy.
Theo thỏa thuận, Công ty Yên Khánh được thu phí tại 4 trạm gồm: Chợ Đệm, Tân An, Bến Lức, Thân Cửu Nghĩa. Yên Khánh trả tiền thành 3 đợt, kéo dài trong 6 tháng. Trong đó đợt 1 là 40% giá trị hợp đồng, trả ngay sau khi hợp đồng có hiệu lực.
Đơn vị quản lý dự án là Tổng công ty Cửu Long có trách nhiệm ký kết và quản lý hợp đồng bán quyền thu phí đường cao tốc với Công ty Yên Khánh, thực hiện các thủ tục bàn giao, tiếp nhận người lao động tại các trạm thu phí trên tuyến đường.
Thu phí trên cao tốc TP HCM - Trung Lương. Ảnh: Hữu Công.
Tuy nhiên, Công ty Yên Khánh kéo dài thời gian nộp tiền thành 15 đợt, đến tháng 3/2017. Trong khi đó theo hợp đồng chỉ có 3 đợt và kết thúc tháng 10/2014.
Vụ việc mang ra tòa phân xử. Theo phán quyết cuối năm 2018 của TAND quận Bình Thạnh, TP HCM, Công ty Yên Khánh đã vi phạm hợp đồng và phải chịu mức phạt 160 tỷ đồng do chậm thanh toán theo hợp đồng.
Khi hợp đồng chuyển giao quyền thu phí gần kết thúc, tháng 12/2018, Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an (C03) thông báo phát hiện dấu hiệu nghi sử dụng phần mềm điện tử để giấu doanh thu tại Công ty Yên Khánh nhằm trốn thuế, gây thất thu cho ngân sách.
Vụ án Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí xảy ra tại Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh, Tổng công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan trong việc đấu thầu và thu phí tuyến cao tốc TP HCM - Trung Lương được Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an mở ra.
5 người đầu tiên bị bắt, gồm: Ngô Bá Thắng, Giám đốc chi nhánh Long An thuộc Công ty Yên Khánh; Trần Văn Miền, Phó giám đốc chi nhánh Long An kiêm Trạm trưởng Trạm thu phí Chợ Đệm, Công ty Yên Khánh; Tô Phước Hùng, kế toán trưởng Công ty Yên Khánh; Nguyễn Thị Kim Huệ, kế toán Công ty Yên Khánh; Nguyễn Văn Hiền, Giám đốc Công ty TNHH Kỹ thuật Xuân Phi.
Một năm sau, tháng 10/2019, Bộ Công an bắt tiếp ông Đinh Ngọc Hệ, tức "Út Trọc", cựu chủ tịch hội đồng quản trị, cựu tổng giám đốc Công ty Thái Sơn; Phạm Văn Diệt, giám đốc điều hành của Yên Khánh và Vũ Thị Hoan, tổng giám đốc Yên Khánh với cáo buộc Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng.
Cơ quan điều tra xác định, ông Hệ làm chủ Công ty cổ phần Tập đoàn Yên Khánh nhưng doanh nghiệp này không có vốn, không có cơ cấu tổ chức, nhân lực...; lập ra chỉ để ký hợp đồng liên doanh phục vụ cho mục đích cá nhân, kiếm lời. Ông Hệ hiện bị phạt 12 năm tù trong vụ án khác.
Về phía Tổng công ty Cửu Long, nhà chức trách bắt ông Dương Tuấn Minh, cựu tổng giám đốc; Dương Thị Trâm Anh, cựu phó tổng giám đốc; Nguyễn Thu Trang, cựu phó phòng đầu tư và quản lý đấu thầu về tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí.
Mở rộng điều tra, ngày 14/8, Bộ Công an tiếp tục khởi tố ông Đinh La Thăng với cáo buộc liên quan sai phạm tại dự án này. Đây là vụ án thứ 4, cựu bộ trưởng Giao thông Vận tải bị khởi tố, sau hai vụ đã xét xử với mức án tổng cộng 30 năm tù và một vụ đang chờ ngày hầu tòa.
Cùng với ông Thăng, nhà chức trách cũng khởi tố, bắt cựu thứ trưởng Trường cùng ông Thành và Cường. Bốn người cùng bị truy cứu trách nhiệm hình sự về tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí.
Bộ Công an thông báo đang tiếp tục điều tra triệt để, mở rộng vụ án và thu hồi tài sản cho Nhà nước.