Ông Thăng cùng 9 người khác bị Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đề nghị truy tố về tội Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng theo khoản 3 điều 224 Bộ luật Hình sự 2015.
Theo kết luận điều tra ra ngày 10/2, năm 2007 ông Đinh La Thăng với vai trò là Chủ tịch Hội đồng quản trị Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN), đã ký nghị quyết chấp thuận chủ trương đầu tư Nhà máy sản xuất Ethanol khu vực phía Bắc. Cuối năm 2007, Công ty cổ phần hoá dầu và nhiên liệu sinh học dầu khí (PVB) được thành lập để làm chủ đầu tư dự án, vốn điều lệ ban đầu hơn 405 tỷ đồng.
Thông qua đấu thầu rộng rãi, tháng 8/2008, PVB và Công ty cổ phần thiết kế Công nghiệp hoá chất (CECO) ký hợp đồng về tư vấn lập dự án đầu tư xây dựng công trình và hồ sơ mời thầu. Tháng 2/2009, Chủ tịch Hội đồng quản trị PVB ký quyết định phê duyệt xây dựng Nhà máy sản xuất Ethanol nhiên liệu khu vực phía Bắc tại huyện Tam Nông, tỉnh Phú Thọ. Tổng mức đầu tư hơn 1.300 tỷ đồng với nguồn vốn gồm vốn sáng lập và vốn vay; thời gian thực hiện dự án 18 tháng, dự kiến tháng 10/2010 đưa vào sử dụng.
Tháng 9/2008, PVB quyết định phê duyệt hồ sơ mời sơ tuyển gói thầu TK05 "Chìa khoá trao tay" xây dựng nhà máy Ethanol Phú Thọ. Trong 6 nhà thầu gửi hồ sơ có Liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T, do Tổng Công ty cổ phần Xây lắp dầu khí Việt Nam (PVC) thành lập do PVC không đáp ứng đủ yêu cầu.
CECO sau đó đánh giá cả 6 nhà thầu chưa đạt 100% tiêu chí về năng lực, kinh nghiệm. Trong đó, liên danh nhà thầu PVC/Alfa Laval/Delta-T chưa đạt các tiêu chí về năng lực kỹ thuật, tư vấn thiết kế, xây dựng và báo cáo tài chính năm 2006 thể hiện PVC đang thua lỗ.
Biết PVC chưa từng thực hiện dự án nào về Ethanol và tình hình tài chính đang khó khăn, nhưng ông Thăng với vai trò là Chủ tịch HĐQT PVN, Trưởng ban chỉ đạo triển khai dự án, đã chủ trì nhiều cuộc họp để định hướng giao thầu cho PVC. Ông Thăng sau đó kết luận tập đoàn cho phép chỉ định thầu cho PVC dự án Ethanol Phú Thọ.
Thực hiện theo chỉ đạo của PVN về việc chỉ định thầu nên PVB đã không tổ chức đấu giá theo kế hoạch mà chuyển sang chỉ định thầu cho liên danh của PVC.
Quá trình thực hiện hợp đồng không đúng tiến độ, PVC báo báo thừa nhận nhà thầu không đủ năng lực. Tháng 3/2013, PVC đơn phương dừng thi công dự án, chưa có hạng mục nào hoàn thành.
Từ ngày triển khai dự án (tháng 9/2009) đến khi khởi tố vụ án (tháng 6/2018), PVB đã thanh toán cho PVC hơn 600 tỷ dồng, Alfa Laval hơn 230 tỷ đồng. Chủ đầu tư đã sử dụng hơn 1.400 tỷ đồng để thực hiện dự án.
Cơ quan điều tra đánh giá, ông Thăng dù biết liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T không đủ năng lực, kinh nghiệm để thực hiện gói thầu dự án Ethanol Phú Thọ vẫn chỉ đạo quyết liệt và ra quyết định giao họ thực hiện theo hình thức chỉ định thầu. Trong quá trình điều tra, ông Thăng thành khẩn khai báo, tích cực hợp tác và có thành tích xuất sắc trong công tác nên đây là tình tiết giảm nhẹ.
9 bị can khác cùng bị truy tố về tội Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng gồm: Vũ Thanh Hà (nguyên Tổng giám đốc Công ty cổ phần Hoá dầu và Nhiên liệu sinh học Dầu khí - PVB), Nguyễn Xuân Thủy (nguyên Phó Phòng đầu tư dự án PVB), Khương Anh Tuấn (nguyên Phó Phòng thương mại PVB), Lê Thanh Thái (Trưởng Phòng kinh doanh PVB).
Ngoài ra, còn có Hoàng Đình Tâm (nguyên Kế toán trưởng PVB), Phạm Xuân Diệu (nguyên Tổng giám đốc Tổng Công ty cổ phần Xây lắp dầu khí Việt Nam - PVC), Nguyễn Ngọc Dũng (nguyên Phó tổng giám đốc PVC), Đỗ Văn Quang (nguyên Trưởng Ban kinh tế kế hoạch PVC), Trần Thị Bình (nguyên Phó tổng giám đốc Tập đoàn Dầu khí Việt Nam).
Được Nhà nước tin tưởng giao quản lý vốn và thực hiện dự án lớn, tuy nhiên 9 bị can trên đã vi phạm pháp luật, gây thiệt hại lớn về kinh tế, khiến dư luận bức xúc nên cần xử lý nghiêm, kết luận điều tra nêu.
Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, Ethanol Phú Thọ đã tiêu tốn hơn 1.500 tỷ đồng nhưng đến thời điểm thanh tra (tháng 9/2016) vẫn dang dở, bế tắc. Thiệt hại bằng lãi suất kể từ khi dự án dừng thi công cho đến ngày 30/4/2018 là hơn 600 tỷ đồng.
Năm 2018, ông Thăng bị TAND Hà Nội xét xử phúc thẩm trong hai vụ án xảy ra tại Tổng Công ty cổ phần Xây lắp Dầu khí Việt Nam, Tập đoàn Dầu khi Việt Nam và Ngân hàng TMCP Đại Dương. Ông bị tuyên phạt tội Cố ý làm trái quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng, tổng hình phạt chung là 30 năm tù.