Theo Sở Giao thông Vận tải Hà Nội, thiết kế bến xe Yên Sở gồm tòa nhà hình tròn 3 tầng, diện tích 2.000 m2, công suất 1.000 xe mỗi ngày. Trong đó, tầng một là nơi bán vé và showroom cho thuê, tầng hai sẽ kinh doanh đồ ăn nhanh. Ngoài ra, tầng hầm rộng khoảng 5.000 m2 được dùng làm nơi trông giữ xe cho hành khách.
Sở cho rằng đây sẽ là bến xe khách hiện đại nhất cả nước; khép kín từ khu vực đón khách, trả khách, xe xếp chỗ chờ đón khách đến khu vực bán vé. Hầu hết các công đoạn tại bến xe sẽ tự động hóa, như kiểm soát xe ra, hiển thị thông tin về chuyến xe, giờ xuất bến, cửa đón khách, hay khu vực xe buýt, khu vực taxi...
Tại Đồ án quy hoạch bến xe, bãi đỗ xe trên địa bàn Hà Nội đến năm 2030 tầm nhìn đến năm 2050 đang được Sở Giao thông lập, bến xe Yên Sở được quy hoạch là bến xe khách liên tỉnh trung hạn với chức năng hỗ trợ, giảm tải cho 3 bến xe: Giáp Bát, Nước Ngầm, Gia Lâm.
Sở Giao thông Vận tải Hà Nội cho biết, trong giai đoạn trước mắt, sau khi đầu tư xong Bến xe khách Yên Sở và Bến xe khách Cổ Bi, Sở sẽ tổ chức nghiên cứu điều chuyển các tuyến xe khách liên tỉnh đang khai thác tại bến xe Giáp Bát về 2 bến xe này nhằm giảm tải áp lực giao thông cho tuyến quốc lộ 1A hiện nay. Bến xe Giáp Bát sẽ chuyển đổi chức năng thành đầu mối trung chuyển vận tải hành khách công cộng kết hợp bãi đỗ xe.
Chủ trương xây dựng bến xe Yên Sở của Hà Nội bằng hình thức xã hội hóa đang gây nhiều ý kiến trái chiều. Một số chuyên gia giao thông cho rằng, bến xe được xây dựng trên vành đai 3 sẽ gây gia tăng ùn tắc trên tuyến này.
Ông Bùi Danh Liên, Phó chủ tịch Hiệp hội Vận tải ôtô Hà Nội cho rằng, Hà Nội cấp phép cho bến xe Yên Sở hoạt động đến 50 năm là vô lý vì bến xe này nằm trong nội đô. Hiệp hội kiến nghị thành phố phải đảm bảo công bằng, khi các bến xe khác phải ra khỏi nội đô thì bến xe này cũng vậy.