PGS Trần Đức Cường, Chủ tịch Hội Khoa học lịch sử Việt Nam, cho biết giáo sư Phan Huy Lê ra đi lúc 13h06 tại Bệnh viện Bạch Mai (Hà Nội). Sau chuyến đi Trường Sa, thấy ông bị mệt, gia đình đưa vào bệnh viện khám. Bác sĩ kết luận ông bị bệnh tim, cùng với tuổi cao sức yếu nên đã qua đời.
Giáo sư Phan Huy Lê sinh năm 1934 tại làng Thu Hoạch, xã Thạch Châu (Lộc Hà, Hà Tĩnh). Hai dòng họ nội, ngoại của ông đều nổi tiếng khoa bảng với những danh nhân văn hóa lớn, như: Phan Huy Cẩn, Phan Huy Ích, Phan Huy Thực, Phan Huy Vịnh, Phan Huy Chú, Cao Xuân Dục, Cao Xuân Tiếu, Cao Xuân Huy... Cụ thân sinh của ông là Phan Huy Tùng, tiến sĩ Nho học, từng làm quan trong triều đình Huế, nổi tiếng thanh liêm.
Năm 1952, khi 18 tuổi, Phan Huy Lê rời gia đình ra học dự bị đại học ở Thanh Hóa. Sau đó ông dự định chọn học Toán - Lý, nhưng GS Trần Văn Giàu và GS Đào Duy Anh đã hướng ông vào học ban Sử - Địa, Đại học Sư phạm Hà Nội. Từ khi đi học, ông đã được các thầy giao làm trợ lý giảng dạy.
Những công trình nghiên cứu đầu tiên trong sự nghiệp khoa học của ông là Chế độ ruộng đất và kinh tế nông nghiệp thời Lê sơ (1959), Đặc điểm của phong trào nông dân Tây Sơn (1959), Lao động và làm thuê trong xã hội phong kiến Việt Nam (1959)…
Ông sau đó chuyển sang nghiên cứu về các cuộc kháng chiến chống ngoại xâm và trận đánh lớn trong lịch sử dân tộc với nhiều công trình như: Khởi nghĩa Lam Sơn (1965); Truyền thống dựng nước và giữ nước của dân tộc Việt Nam (1973), Một số trận quyết chiến chiến lược trong lịch sử dân tộc (1976), Chiến thắng Bạch Đằng năm 938 và 1288 (1988)...
Từ giữa những năm 1970, ông mở rộng sang nghiên cứu lĩnh vực văn hóa - truyền thống với các công trình tiêu biểu như: Truyền thống và cách mạng (1982), Vấn đề dân chủ trong truyền thống Việt Nam (1988), Các giá trị truyền thống và con người Việt Nam hiện nay (3 tập, 1994, 1996, 1997), Chủ nghĩa yêu nước Việt Nam, truyền thống và hiện đại (2002)…
Ngoài giảng dạy chính ở Khoa Lịch sử, Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn (Đại học Quốc gia Hà Nội), ông còn dạy ở nhiều trường trong và ngoài nước, như: Đại học Paris VII (Pháp), Đại học Amsterdam (Hà Lan)... Hàng nghìn học trò của ông đã trở thành chuyên gia nghiên cứu hàng đầu ở Việt Nam.
Từ năm 1988, ông đảm nhiệm cương vị Chủ tịch Hội Khoa học lịch sử Việt Nam. Năm 2015, tại đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ 7 của Hội, giáo sư Lê đề nghị thôi giữ chức Chủ tịch vì tuổi cao. Do tất cả đại biểu tham dự không tán thành, ông tiếp tục làm Chủ tịch thêm nhiệm kỳ nữa.
Cuối đời, ông dành toàn bộ tâm sức để hoàn thành bộ Quốc sử Việt Nam lớn nhất từ trước tới nay với tư cách Tổng chủ biên. Dự kiến, năm 2019 bộ Quốc sử hoàn thành.
GS Phan Huy Lê đã đưa ra nhiều quan điểm tiến bộ về sử học. Tháng 2/2017, tại trụ sở Ban Tuyên giáo Trung ương, GS Phan Huy Lê có bài thuyết trình khoa học Một số thành tựu mới trong nghiên cứu lịch sử Việt Nam gây chấn động vì những quan điểm tiến bộ được công khai.
Ông đề xuất phương pháp tiếp cận mới để khỏa lấp những khoảng trống trong lịch sử Việt Nam lâu nay là: “Tất cả nền văn hóa từng tồn tại trên lãnh thổ Việt Nam đều là di sản của văn hóa Việt Nam, đều là bộ phận tạo thành của văn hóa Việt Nam”.
Giáo sư cũng đề xuất phải viết thật khách quan về lịch sử của thực thể chính quyền Việt Nam Cộng hòa, lịch sử bảo vệ chủ quyền biển đảo, các sự kiện cải cách ruộng đất, nhân văn giai phẩm…
Là đại thụ của nền sử học Việt Nam, một trong tứ trụ của ngành sử học Việt Nam đương đại (cùng GS Hà Văn Tấn, GS Trần Quốc Vượng, GS Đinh Xuân Lâm), ông Phan Huy Lê được phong học giáo sư năm 1980; nhà giáo nhân dân năm 1994; giải thưởng Nhà nước (2000); giải thưởng Quốc tế Văn hoá châu Á Fukuoka, Nhật Bản (1996); huân chương Cành cọ Hàn lâm của Pháp (2002); danh hiệu Viện sĩ Thông tấn nước ngoài của Viện Hàn lâm Văn khắc và Mỹ văn thuộc Học viện Pháp quốc (2011).
Ông được Nhà nước trao tặng giải thưởng Hồ Chí Minh về khoa học (2016) vì những đóng góp xuất sắc cho nền sử học nước nhà.