Musashi được cho là sinh năm 1584 tại làng Miyamoto thuộc tỉnh Harima, vùng Honshu, phía tây Nhật Bản. Miyamoto Munisai, cha của ông, cũng là một võ sư nổi tiếng. Musashi dường như đã thừa hưởng tình yêu với kiếm thuật từ cha và nuôi dưỡng khát khao trở thành một samurai vĩ đại.
Tuy nhiên, quan hệ giữa Musashi và cha mình khá phức tạp. Việc cha mẹ ly hôn khiến ông thường xuyên phải chịu đựng những tin đồn và lời đàm tiếu về mẹ ruột của mình và cũng không hòa hợp với mẹ kế. Sau khi lớn hơn và có thêm kinh nghiệm về kiếm thuật, Musashi đã phê bình kỹ năng của cha mình, dẫn tới những xích mích giữa hai người. Musashi thường trốn đến nhà của chú Dorinbo, một thần chủ Thần đạo, người đại diện sau này của ông.
Căng thẳng giữa cha con nhà Miyamoto lên đến đỉnh điểm trong một lần Musashi phê bình kỹ năng của cha, khiến người đàn ông này phi dao găm và kiếm về phía con. Musashi né được cả hai phát ném rồi bỏ nhà đến sống với Dorinbo.
Samurai vĩ đại của Nhật Bản trưởng thành trong thời kỳ đất nước biến động, chiến tranh liên miên do chế độ Mạc phủ Ashikaga lung lay, sau đó sụp đổ hoàn toàn vào năm 1573. Tới năm 1600, Nhật Bản bị chia cắt thành hai phe, với phía đông ủng hộ Tokugawa Ieyasu, người sau này sáng lập Mạc phủ Tokugawa, và phía tây theo tướng Toyotomi Hideyori.
Do sinh ra tại khu vực phía tây, Musashi phục vụ trong lực lượng của Hideyori. Tuy nhiên, phe của Ieyasu chiến thắng trong trận Sekigahara mang tính quyết định vào ngày 21/10/1600, giúp họ củng cố quyền kiểm soát Nhật Bản. Musashi bằng cách nào đó đã thoát chết, nhưng lại trở thành ronin, một samurai vô chủ.
Tình huống này khiến Musashi quyết định lên đường tìm kiếm khát vọng mới và trở thành một shugyosha, từ dùng để chỉ những samurai lang thang khắp nơi rèn luyện kỹ năng của mình bằng cách thách đấu đến chết với các đối thủ. Musashi biến mất trong vòng vài năm, được cho là bí mật tập luyện ở đảo Kyushu, sau đó tái xuất vào năm 1604.
Đấu kiếm đối kháng là vấn đề nghiêm túc ở Nhật Bản trong quá khứ và thường có người chết, ngay cả khi vũ khí chỉ là kiếm gỗ như loại Musashi thường sử dụng. Tuy nhiên, cái chết không thực sự là mối bận tâm đối với Musashi cũng như những samurai khác, bởi họ tuân theo tinh thần võ sĩ đạo, đồng nghĩa với việc đặt danh dự và vinh quang lên trên cái chết.
Musashi tham gia trận đấu đối kháng đầu tiên hồi mới 13 tuổi, khi ông chấp nhận lời thách đấu của một samurai lớn tuổi hơn tên Arima Kihei và giết chết người này. Musashi đấu với đối thủ lão luyện khác vào năm 1599 và cũng giành chiến thắng. Tuy nhiên, những trận đấu đáng chú ý diễn ra sau khi ông trở thành một shugyosha, với loạt trận đầu tiên đối mặt với nhà Yoshioka, gia tộc kiếm thuật lừng danh ở Kyoto.
Người đầu tiên Musashi thách đấu và đánh bại là Seijiro, trưởng nam nhà Yoshioka, khiến người này phải cạo đầu và trở thành nhà sư. Denshichiro, em trai Seijiro, đã tìm cách trả thù Musashi trong một cuộc đối kháng khác, nhưng cuối cùng bị trúng đòn từ kiếm gỗ của Musashi, mạnh tới mức chết ngay tại chỗ.
Hàng chục thành viên của gia tộc Yoshioka được cho là đã tìm cách giết Musashi bằng súng hoặc cung tên để trả thù. Tuy nhiên, samurai dày dạn kinh nghiệm đã tự bảo vệ mình bằng hai thanh kiếm. Đây cũng là phương pháp chiến đấu giúp Musashi trở nên nổi tiếng, có tên Niten Ichi-ryu, hay còn gọi là "nhị thiên nhất lưu".
Musashi dành vài năm sau đó để chu du khắp Nhật Bản và thách đấu với nhiều người khác nhằm trau dồi kỹ năng cũng như củng cố danh tiếng. Hầu hết tư liệu về những cuộc đọ kiếm này đều bị thất lạc. Tuy nhiên, trận đấu cuối cùng với Sasaki Kojiro, cũng là trận nổi tiếng nhất của Musashi vẫn được lưu truyền.
Sasaki Kojiro là kiếm sĩ thuộc nhà Hosokawa, gia tộc kiểm soát thành Kokura ở đảo Kyushu, nổi tiếng với kỹ thuật tsubame gaeshi, có nghĩa là ra tay "thần tốc" như chim én bay và sử dụng một thanh trường kiếm dài khoảng một mét. Danh tiếng của Kojiro vang dội khắp Nhật Bản thời đó với biệt danh "ác quỷ miền Tây". Ông được cho là chưa từng thua khi đấu đối kháng. Musashi quyết tâm đánh bại kiếm sĩ bậc thầy này.
Musashi thách đấu với Kojiro thông qua một quan chức tại Kokura, đồng thời là đệ tử cũ của cha mình, và được chấp thuận. Trận quyết đấu được ấn định vào sáng 13/4/1612 tại một hòn đảo nhỏ hẻo lánh có tên Funajima, nằm giữa Honshu và Kyushu.
Musashi đã tới địa điểm thách đấu muộn và để Kojiro phải chờ ba giờ, khiến Kojiro không giữ nổi bình tĩnh và nổi cơn thịnh nộ với những người hầu của mình. Một trong số họ xoa dịu kiếm sĩ này bằng cách nói rằng Musashi có lẽ không đến bởi quá sợ hãi trước Kojiro vĩ đại. Tuy nhiên, Kojiro không chấp nhận cách giải thích này do biết rõ uy tín của Musashi, nên việc đến muộn chỉ có thể mang ý xúc phạm. Trên thực tế, Musashi đang ngồi trên chiếc thuyền đánh cá ngay gần đó.
"Có nhiều kiểu kích động. Đầu tiên là cảm giác nguy hiểm, thứ hai là cảm giác về điều gì đó vượt quá khả năng của bạn, tiếp đó là cảm giác bất ngờ. Bạn nên xem xét chúng một cách thấu đáo", Musashi viết trong Ngũ Luân Thư (Go Rin No Sho), tác phẩm nổi tiếng nhất của ông. Theo một số lời kể, Musashi đã lấy mái chèo và thong thả ngồi đẽo một thanh kiếm gỗ dài hơn vũ khí của Kojiro.
Dù giờ hẹn là 8h, Musashi đến nơi lúc khoảng 11h. Trong cơn tức giận, Kojiro lao tới và ném bao kiếm xuống biển. "Ông thua rồi, Kojiro. Chỉ kẻ thua cuộc mới không cần tới bao kiếm của mình", Musashi mỉm cười nói.
Lời lăng mạ cùng việc đến trễ đã phát huy hiệu quả mà Musashi mong muốn. Kojiro ngay lập tức vung kiếm nhắm vào giữa trán Musashi, nhưng cú chém chỉ làm rách dải băng buộc trên đầu ông. Trong khi đó, Musashi tấn công Kojiro vào điểm tương tự bằng kiếm gỗ, khiến đối thủ ngã xuống.
Tuy nhiên, Kojiro tiếp tục tung cú chém ngang khiến Musashi bị thương ở đùi, nhưng không trúng động mạch. Musashi phản công bằng cách đập gãy sườn bên trái của đối thủ, khiến Kojiro bất tỉnh. Sau khi kiểm tra, Musashi nhận thấy Kojiro đã chết nên cúi đầu chào những quan chức chứng kiến trận đấu rồi trở lại thuyền và bỏ đi, trước khi các đệ tử của Kojiro tìm cách báo thù.
Bằng việc hạ gục Kojiro, Musashi có thể tự xưng là kiếm sĩ vĩ đại nhất Nhật Bản. Tuy nhiên, cái chết của đối thủ khiến ông cảm thấy buồn và thay đổi tư tưởng, trở thành người sống nội tâm. "Tôi hiểu rằng mình chiến thắng không phải nhờ kỹ năng vượt trội trong kiếm pháp", ông viết trong tác phẩm của mình.
"Có lẽ tôi sở hữu một số tài năng thiên bẩm, hoặc vì không rời bỏ một số nguyên tắc tự nhiên. Liệu có phải những phong cách võ khác đang thiếu điều gì đó hay không? Sau chuyện đó, tôi quyết định tìm hiểu rõ ràng hơn về những quy tắc sâu xa, luyện tập thâu đêm suốt sáng. Tới khoảng năm 50 tuổi, tôi nhận ra rằng con đường của kiếm thuật khá tự nhiên", Musashi viết.
Ông trở thành võ sư và nắm vững triết lý của Thiền tông, đồng thời theo đuổi một số bộ môn khác như thư pháp và hội họa. Tới năm 1643, Musashi dường như cảm nhận cái chết đang cận kề và bắt đầu viết tự truyện. Ngũ Luân Thư được hoàn thành sau hai năm.
Musashi được cho là mắc một dạng ung thư ngực. Vào tháng 5/1645, ông tặng quà cho các đệ tử của mình và viết ra 21 nguyên tắc rèn luyện mang tên Độc hành Đạo. Musashi mất vào ngày 19/5/1645.
Ánh Ngọc (Theo ATI, War History)