Theo chỉ đạo mới nhất của Thủ tướng, ngoài Trưởng ban chỉ đạo, 3 Phó ban là các bộ trưởng Giao thông Vận tải, Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính. Ủy viên là Bộ trưởng Tài nguyên và Môi trường, đại diện các bộ, ngành có liên quan, Chủ tịch Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp, đại diện Ban kinh tế Trung ương, Ủy ban Kinh tế, Ủy ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội.
Tổ giúp việc Ban Chỉ đạo không quá 15 người, gồm các cán bộ, chuyên gia, nhà khoa học đầu ngành trong lĩnh vực giao thông vận tải đường sắt.
Cuối tháng 6, Bộ trưởng Giao thông Vận tải Nguyễn Văn Thắng đề xuất Thủ tướng xem xét thành lập Tổ công tác xây dựng đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc Nam. Tổ sẽ giúp Thủ tướng nghiên cứu xây dựng các cơ chế, giải pháp lớn mang tính tổng thể và phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương trong quá trình xây dựng đề án.
Theo Bộ trưởng Thắng, dự án xây dựng tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc Nam có quy mô rất lớn, tiêu chuẩn kỹ thuật - công nghệ phức tạp, là dự án lần đầu tiên được triển khai tại Việt Nam nên cần được nghiên cứu thận trọng để lựa chọn phương thức và nguồn vốn đầu tư, công nghệ, tốc độ, mô hình khai thác hợp lý, bảo đảm tầm nhìn chiến lược, dài hạn.
Bộ Giao thông Vận tải đang chỉ đạo các đơn vị liên quan tiếp thu ý kiến của Hội đồng thẩm định về dự án đường sắt tốc độ cao. Bộ đã tổ chức đoàn công tác đi học hỏi kinh nghiệm tại một số quốc gia có hệ thống đường sắt tốc độ cao phát triển như châu Âu, Trung Quốc và huy động tư vấn quốc tế để nghiên cứu, trình cấp có thẩm quyền xem xét quyết định chủ trương đầu tư dự án trong năm 2025.
Tháng 2/2019, Bộ Giao thông Vận tải trình Chính phủ báo cáo tiền khả thi dự án tốc độ cao Bắc Nam đi qua 20 tỉnh thành từ Hà Nội đến TP HCM. Đây là tuyến đường đôi, khổ 1.435 mm, điện khí hóa, tốc độ thiết kế 350 km/h, tốc độ khai thác 320 km/h. Trên tuyến có 20 ga hành khách, đoàn tàu sử dụng công nghệ động lực phân tán. Tổng mức đầu tư sau thẩm tra là 64 tỷ USD.
Hội đồng Thẩm định nhà nước đã ký hợp đồng với liên danh tư vấn thẩm tra độc lập để đánh giá, thẩm định báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án. Cuối năm 2022, Tư vấn thẩm tra nêu một số nhược điểm nếu đầu tư đường sắt tốc độ cao 350 km/h và kiến nghị phương án tuyến đường sắt vừa chở khách, vừa chở hàng tốc độ khai thác 225 km/h cho tàu khách, 160 km/h cho tàu hàng. Trên tuyến có 50 ga hành khách và 20 ga hàng hóa. Tổng mức đầu tư sơ bộ là 61 tỷ USD.