Theo cuốn Kinh đô Vạn Lại - Yên Trường của nhà nghiên cứu Lê Quốc Ẩm, nhà Lê gồm Tiền Lê và Hậu Lê sau gần 400 năm trị vì đất nước đã để lại nhiều thành tựu to lớn, nhiều vị vua anh minh đã giành lại độc lập dân tộc, mở mang bờ cõi. Tuy nhiên, càng về cuối thời Hậu Lê, các vua không còn chăm lo triều chính khiến bè cánh nổi lên, tranh đoạt quyền lực, báo hiệu nhà Lê đến hồi suy vong.
Lập kinh đô kháng chiến Vạn Lại - Yên Trường
Năm Đinh Hợi 1527, lợi dụng tình hình đất nước rối ren, Mạc Đăng Dung - một trong những bề tôi của nhà Lê, uy hiếp, bức vua Lê Cung Hoàng nhường ngôi, theo Đại Việt sử ký toàn thư.
Nhiều quan lại, tôn thất triều Lê nổi lên chống nhà Mạc nhằm khôi phục ngai vàng. An Thành hầu Nguyễn Kim bí mật sang vùng Sầm Châu của Ai Lao (tỉnh Hủa Phăn, Lào ngày nay) gây dựng căn cứ. Năm 1533, ông cử người về Thanh Hóa tìm con cháu dòng họ Lê là Lê Ninh đưa sang lập làm vua - tức vua Lê Trang Tông, giương cao ngọn cờ phù Lê diệt Mạc.
Năm 1540, Nguyễn Kim đem quân từ Ai Lao về nước đánh nhà Mạc, được nhiều hào kiệt trong nước theo giúp. Tuy nhiên, năm 1545, ông bị hàng tướng nhà Mạc là Dương Chấp Nhất hại chết. Trịnh Kiểm - con rể Nguyễn Kim, lên nắm giữ binh quyền, tiếp tục sự nghiệp trung hưng nhà Lê, đánh đuổi nhà Mạc.
Trịnh Kiểm đón vua Lê Trang Tông từ Ai Lao về nước năm 1546, chọn sách Vạn Lại (sách là đơn vị hành chính tương đương làng hoặc xã thời Lý - Trần - Lê) thuộc huyện Thụy Nguyên, phủ Thiệu Hóa, nay là xã Xuân Châu, huyện Thọ Xuân, Thanh Hóa lập hành điện.
Sách Việt sử Thông giám cương mục chép: "Thái sư Trịnh Kiểm cho rằng lập quốc tất phải căn cứ vào nơi hiểm trở. Sách Vạn Lại núi đứng sững, nước uốn quanh, thực đáng gọi là nơi hình thế đẹp. Đó là do trời đất xếp đặt để làm chỗ dấy nghiệp đế vương. Trịnh Kiểm bèn sai đào hào đắp lũy, xây dựng hành điện, mời nhà vua đến đóng tại đó".
Triều đình với đầy đủ văn quan, võ tướng với sứ mệnh trung hưng nhà Lê đã được lập nên. Từ đây, đất nước hình thành hai vương triều với hai kinh đô, gồm Nam triều từ Thanh Hóa trở vào thuộc vua Lê và Bắc triều từ Ninh Bình đổ ra, bao gồm cả kinh thành Thăng Long (tức Đông Kinh) do họ Mạc cai trị.
Năm 1553, Trịnh Kiểm thấy Yên Trường (cách Vạn Lại hơn 3 km) thực sự là hiểm địa, có ý nghĩa sống còn với thành lũy Vạn Lại nên đề xuất với vua dời đến. Yên Trường nay thuộc xã Thọ Lập, huyện Thọ Xuân, nằm cạnh dòng sông Chu.
Địa hình thấp hơn so với Vạn Lại, nhưng Yên Trường có lợi thế thoáng đãng rộng rãi, có tầm nhìn xa, lại nằm giữa hai con sông Chu và Cầu Chày nên rất tiện trong việc điều hành triều chính để triển khai binh quyền, kết hợp trong ngoài cùng đánh nhằm giữ vững thành lũy Vạn Lại từ xa nếu nhà Mạc tiến công.
Mặt khác, khi cần cơ động lực lượng để mở rộng địa bàn chiến lược vào các tỉnh ở phía nam, quân nhà Hậu Lê chỉ cần qua sông Chu là đến huyện Lôi Dương, huyện Nông Cống và tiếp cận vào vùng Nghệ An. Do đó, vua Lê Trung Tông đã chuẩn tấu dời hành xuống Yên Trường, nơi đặt phủ chúa của Trịnh Kiểm.
Hai vùng đất Vạn Lại và Yên Trường tiếp giáp nhau, tuy hai nhưng thực chất là một, được sử dụng song song. Theo Đại Việt sử ký toàn thư, trong 47 năm (1546-1593) trở thành kinh đô kháng chiến, các vua nhà Lê đã di chuyển qua lại giữa hai địa danh Vạn Lại và Yên Trường. Yên Trường được ví như vị trí chiến lược quan trọng nhằm bảo vệ kinh đô Vạn Lại từ xa, đảm bảo an toàn cho hành điện của vua tôi nhà Lê.
Sau khi đặt đô ở Vạn Lại - Yên Trường, nhà Lê đã có nhiều quyết sách điều hành cuộc chiến giành lại giang sơn. Thế lực Nam triều ngày càng lớn mạnh, mở nhiều đợt tiến công đánh chiếm những địa bàn chiến lược quan trọng trước khi tung đòn quyết định vào kinh thành Thăng Long khiến nhà Mạc tan rã.
Năm 1593, nhà Lê đánh đuổi nhà Mạc ra khỏi Thăng Long, vua trở về Đông Kinh mở ra thời kỳ Lê Trung Hưng. Vạn Lại - Yên Trường kết thúc sứ mệnh lịch sử là kinh đô kháng chiến của nhà Lê.
Kinh đô kháng chiến trở thành phế tích
Tồn tại gần nửa thế kỷ, Vạn Lại - Yên Trường trải qua bốn đời vua (Lê Trang Tông, Lê Trung Tông, Lê Anh Tông và Lê Thế Tông). Nơi đây đã diễn ra nhiều buổi thượng triều bàn luận sách lược quan trọng trong việc giành lại quyền bính hay phục hồi kinh tế, bang giao với nước ngoài... Cũng chính nơi đây, ba vua nhà Hậu Lê là Lê Trung Tông, Lê Anh Tông và Lê Thế Tông lên ngôi. Sau khi băng hà, Lê Trang Tông và Lê Trung Tông đã chọn Vạn Lại làm nơi an nghỉ.
Mặc dù chỉ là kinh đô thời loạn, tại Vạn Lại - Yên Trường, nhà Lê đã tổ chức 7 khóa thi, tìm ra nhiều hiền tài giúp nước cuối thế kỷ 16, đầu thế kỷ 17. Trong đó, nổi bật có các tiến sĩ Phùng Khắc Khoan, Nguyễn Thực, Lê Trạc Tú... Tại Văn miếu Quốc Tử Giám Hà Nội hiện có 82 bia tiến sĩ, trong đó 7 bia ghi các tiến sĩ từng đỗ khoa thi ở Vạn Lại.
Vạn Lại - Yên Trường được các nhà sử học đánh giá có vị trí, vai trò rất quan trọng trong sự nghiệp trung hưng nhà Lê. Tuy nhiên, kinh đô này hầu như đã bị lịch sử lãng quên. Nhà nghiên cứu Lê Quốc Ẩm đánh giá "có thể cuộc nội chiến nồi da xáo thịt của tập đoàn phong kiến Lê - Trịnh và nhà Mạc đã để lại một vết đau thương tang tóc trong lịch sử Việt Nam cho nên các nhà sử học ghi chép rất ít về thời kỳ này, nhất là vùng đất Vạn Lại - Yên Trường".
Thành lũy Vạn Lại - Yên Trường và những di tích khác đã bị chiến tranh, thiên nhiên và con người tàn phá khiến nó gần như biến thành bình địa. Không có sử liệu ghi chép hoặc truyền khẩu lại hình dáng, cấu kết của hành điện. "Có tài liệu nói quân Tây Sơn lần đầu tiến quân ra Bắc khi đến Thanh Hóa đã tàn phá Lam Kinh và Vạn Lại để xóa sạch mọi dấu vết của nhà Lê...", nhà nghiên cứu Hoàng Hùng cho hay.
Thửa đất nằm ngay sau trụ sở UBND xã Thuận Minh - nơi được xác định là hành cung Vạn Lại xưa, hiện giờ cỏ cây um tùm, chỉ còn hai cặp linh vật voi đá và ngựa đá nằm xen kẽ cánh rừng cao su bạt ngàn của người dân địa phương. Rải rác xung quanh có những mảnh gạch ngói, bình gốm vỡ lẫn trong đất đá, lùm cây, bờ ruộng... Dải đất bao quanh sách Vạn Lại được gọi là lũy thành giờ cũng phai dấu hình hài vì người dân đã san lấp thành đường đi.
Toàn bộ điện miếu, lăng tẩm, hành cung ở cả hai vùng Vạn Lại, Yên Trường hầu như đã biến mất. Những chứng tích khác như giếng mắt rồng, đàn tế Nam Giao, trường thi... hơn 500 năm trước bị cây cỏ bao quanh hoặc mọc lên các công trình nhà ở, trường học.
Tại thôn 2 và 3 xã Thọ Lập, người dân tìm thấy một số hiện vật được cho là liên quan dấu tích của hành cung Yên Trường xưa. Trên khu đất rộng hơn 1.200 m2 của gia đình ông Trần Đình Thành ở thôn 2 có một pho tượng phỗng quỳ bằng đá. Bức tượng khoảng 400-500 kg, cao 70-80 cm, ban đầu ở trên vườn trước nhà, nhưng hiện được ông Thành di chuyển để ngay lối cổng đi vào sân.
Pho tượng bị mất đầu và hai tay, theo ông Thành do "các cụ ngày xưa đập đem đi nấu vôi". Thời gian làm nhà, ông Thành tìm được một hũ tiền cổ thời Lê và những tấm bia khắc chữ Hán, nhưng không biết đó là cổ vật có giá trị lịch sử nên đem bán đồng nát hoặc chôn luôn xuống móng nhà.
Ngoài tượng phỗng, khu vườn của ông Thành và các hộ hàng xóm hay dọc một số tuyến đường liên thôn ở Thọ Lập còn nhiều chân tảng bằng đá xanh đục đẽo vuông vức. Hiện vật này được cho dùng kê chân cột trong hành dinh.
Theo đại diện chính quyền địa phương, đợt khai quật khảo cổ năm 2021, tại khu vực Vạn Lại và Yên Trường, các nhà sử học tìm thấy nhiều kết cấu nền móng và mảnh gạch ngói, đá tảng, bình sành sứ, tiền đồng... được nhận định là dấu vết kinh đô kháng chiến của nhà Hậu Lê.
Ngành văn hóa và UBND huyện Thọ Xuân phối hợp với Hội Khoa học lịch sử Việt Nam đã tổ chức một số hội thảo khoa học, cuộc điền dã và khai quật khảo cổ nhằm làm cơ sở phục dựng di tích. Tuy nhiên, phạm vi nghiên cứu về kinh đô Vạn Lại - Yên Trường đang ở quy mô nhỏ, chưa có cơ sở khoa học xác đáng và cái nhìn toàn diện về kinh đô Vạn Lại - Yên Trường.