Chỉ tiêu tuyển sinh các ngành theo từng phương thức xét tuyển như sau:
Với xét tuyển bằng kết quả thi tốt nghiệp THPT, trong đợt 1 thí sinh được xét bình đẳng theo kết quả thi, không phân biệt thứ tự ưu tiên của nguyện vọng đăng ký. Trừ trường hợp thí sinh điểm xét tuyển ở cuối danh sách bằng điểm nhau, học viện sẽ ưu tiên em có nguyện vọng cao hơn.
Về ngưỡng đảm bảo chất lượng đầu vào, trường sẽ công bố trước 17h ngày 5/8, sau khi có kết quả thi tốt nghiệp THPT và điểm sàn khối ngành sức khỏe do Bộ Giáo dục và Đào tạo quy định.
Ngoài ra, Học viện Y Dược học cổ truyền Việt Nam xét tuyển thẳng theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Những thí sinh được triệu tập tham dự kỳ thi chọn đội tuyển quốc gia dự thi Olympic quốc tế, thí sinh đoạt giải nhất, nhì, ba trong kỳ thi chọn học sinh giỏi quốc gia môn Sinh học được xét tuyển thẳng vào ngành Y học cổ truyền hoặc Y khoa, còn môn Hóa được xét vào ngành Dược học.
Những thí sinh trong đội tuyển quốc gia dự cuộc thi khoa học, kỹ thuật quốc tế hoặc đoạt giải nhất, nhì, ba trong cuộc thi khoa học, kỹ thuật cấp quốc gia sẽ được xem xét kết quả dự án hoặc đề tài giành giải để xét tuyển thẳng theo đúng ngành hoặc ngành gần với môn đoạt giải.
Đối với thí sinh nước ngoài có nguyện vọng, Giám đốc Học viện sẽ căn cứ kết quả học tập THPT và kiểm tra kiến thức, tiếng Việt theo quy định để xem xét, quyết định cho vào học.
Học viện còn xét tuyển thẳng những em có điểm trung bình các bài thi tốt nghiệp THPT đạt từ 6 trở lên đồng thời có điểm trong học bạ các môn học tương ứng với bài thi, môn thi thuộc tổ hợp xét tuyển theo từng ngành đạt từ 7 trở lên ở cả ba năm cấp THPT.
Thí sinh đoạt giải trong kỳ thi học sinh giỏi quốc gia môn Toán, Hóa, Sinh, Lý mà không sử dụng kết quả này để xét tuyển thẳng sẽ được cộng điểm ưu tiên. Trong đó, giải nhất được cộng 3 điểm, nhì 2, ba 1 và khuyến khích 0,5 điểm.
Năm ngoái, Học viện Y Dược học cổ truyền lấy ba mức điểm chuẩn: 26,1 cho ngành Y khoa, 25 ngành Dược học và 24,15 ngành Y học cổ truyền.