Ngày 30/5, Itani Masaru, 59 tuổi, và Arai Yoshihiro, 24 tuổi, đi tour thăm quần đảo nhỏ gần Palawan cùng một du khách Nhật Bản khác và một phiên dịch viên bản địa.
Theo lời khai ban đầu của trưởng tàu, ba người đàn ông khác xuất hiện khi cả đoàn ghé thăm một trong các hòn đảo. Ba người này đưa Arai và Itani tới nơi vắng vẻ và bắn chết, sau đó phân chia xác các nạn nhân rồi phi tang dưới biển.
Cảnh sát tìm ra 6 nghi phạm, trong đó 5 người là thành viên Commando Brotherhood, một băng đảng tại Puerto Princesa. Hai trong số đó, gồm cả trưởng tàu, bị bắt giam sau khi thú tội. Kẻ bị tình nghi là chủ mưu, Hiroyuki Nagahama, một mực khẳng định ông ta không dính líu tới vụ việc.
Trưởng tàu Michael Suangco nói, những kẻ sát nhân dọa giết anh ta nếu không hợp tác. Anh ta phải ném các phần thi thể của nạn nhân xuống biển theo lệnh của chúng. Nagahama còn yêu cầu Michael đánh chìm tàu sau đó.
Vụ sát hại hai du khách Nhật tại Philippines được cho là có tình tiết giống các vụ thanh trừng của giới yakuza, còn được gọi là mafia Nhật Bản, Straits Times đưa tin.
Gabriel Lopez, cảnh sát trưởng Palawan, cho biết nghi phạm Nagahama thường xuyên lui tới Palawan để chăm lo các nhà hàng trong thị trấn du lịch tại El Nido và Coron.
Cảnh sát phát hiện hàng loạt giấy tờ bảo hiểm trong hành lý của hai nạn nhân Arai và Itani. Các điều tra viên cho rằng một trong những động cơ của những kẻ giết người là chiếm đoạt tiền bảo hiểm của các nạn nhân.
Cảnh sát Palawan sẽ tiếp tục phối hợp với các lực lượng để tìm mối liên quan giữa vụ án với giới yakuza.