Bộ Giao thông Vận tải ra chỉ đạo trên với Cục Hàng không Việt Nam trong chiều 31/3 trước diễn biến mới của Covid-19. Tuy nhiên, việc dừng các chuyến bay quốc tế đến Việt Nam không áp dụng với khách nhập cảnh với mục đích ngoại giao, công vụ, khách nước ngoài tham dự hoạt động đối ngoại quan trọng; chuyên gia, nhà quản lý doanh nghiệp, lao động kỹ thuật cao và các trường hợp đặc biệt được sự đồng ý của Ban chỉ đạo quốc gia về phòng chống Covid-19.
Hiện việc dừng nhập cảnh Việt Nam áp dụng với người nước ngoài, trừ người Việt. Một số hãng hàng không quốc tế vẫn bay đến Việt Nam. Với quy định mới này, các hãng quốc tế sẽ phải dừng bay, đồng nghĩa dừng nhập cảnh với cả khách Việt. Một số chuyến bay đưa khách xuất cảnh vẫn được duy trì.
Ngoài dừng bay quốc tế, Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu tiếp tục giảm đường bay nội địa đến 15/4. Theo đó, chặng Hà Nội - TP HCM chỉ có hai chuyến mỗi ngày và ngược lại, chặng Hà Nội - Đà Nẵng chỉ có một chuyến, chặng TP HCM - Đà Nẵng có một chuyến. Việc điều phối các hãng bay sẽ do Cục Hàng không đảm nhiệm.
Ngày 31/3, sân bay Nội Bài đón hơn 20 chuyến bay cất và hạ cánh, trong khi trước dịch mỗi ngày khoảng 520-550 lượt cất hạ cánh. Các đường bay vẫn được khai thác là Hà Nội đi TP HCM, Đà Nẵng, Phú Quốc và ngược lại, mỗi hãng một chuyến mỗi ngày.
Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu tạm dừng toàn bộ tuyến xe khách liên tỉnh, xe hợp đồng, xe du lịch, taxi, xe buýt trên toàn quốc, trừ các trường hợp xe công vụ, xe chở lương thực, thực phẩm, xe đưa đón công nhân, chở nguyên vật liệu.
Ngành đường sắt chỉ duy trì một đôi tàu khách chặng Hà Nội - TP HCM và ngược lại. Cục Hàng hải được giao tạm dừng các tàu chở khách từ bờ ra đảo, chỉ được phép vận chuyển tàu chở hàng hóa.
Hai ngày trước, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc yêu cầu Bộ Giao thông Vận tải dừng các chuyến bay chở khách đến Việt Nam và hạn chế chuyến bay đến và đi từ Hà Nội, TP HCM đến địa phương khác trong hai tuần do tình hình dịch diễn biến phức tạp.