Theo phản ánh, từ 3 năm qua, 10 doanh nghiệp đã nhập và kinh doanh các mặt hàng máy bơm nước, bình lọc nước không dùng điện và máy làm khô bát đĩa và được các hải quan các cửa khẩu áp cùng thuế suất VAT là 5%. Điều này được thể hiện rõ trên các tờ khai hải quan khi nhập khẩu, và trên hóa đơn bán sản phẩm bán ra thị trường. Việc áp thuế suất 5% được hải quan và doanh nghiệp căn cứ vào Mục II, phần B của Thông tư số 122/2000/TT-BTC.
Các doanh nghiệp cho biết, hằng tháng họ vẫn nộp các báo cáo thuế lên Cục thuế, chi cục thuế địa phương và đều được các cơ quan này chấp thuận, không có ý kiến điều chỉnh gì.
Tuy nhiên, mọi sự rắc rối bắt đầu nảy sinh khi cuối tháng 8 vừa qua, các doanh nghiệp được Cục thuế Hà Nội thông báo, thuế VAT của các mặt hàng nêu trên là 10% chứ không phải 5% như các cơ quan chức năng cũng như doanh nghiệp thực hiện trong 3 năm vừa qua. Cơ sở để Cục thuế Hà Nội đưa ra là công văn do Phó tổng cục trưởng Tổng cục Thuế ký ngày 13/8 trong đó nêu rõ: "Tại điểm 3.3 mục II phần B Thông tư 122/2000/TT-BTC hướng dẫn Sản phẩm cơ khí áp dụng mức thuế suất 10% đối với các mặt hàng như: bình lọc nước uống (không dùng điện), các loại máy: sấy khô bát đĩa, bơm nước, hút khói, hút mùi".
Sự thiếu thống nhất trong cách áp thuế VAT của ngành thuế còn được thể hiện ngay trong một công văn khác do Phó tổng cục trưởng Tổng cục Thuế Đặng Thị Bình An ký, trong đó hướng dẫn: "Thuế VAT mặt hàng máy bơm nước và bộ linh kiện rời để lắp thuộc nhóm 8413, và ở mức 5%".
Tại một công văn khác gửi Công ty SECOIN (chuyên nhập bình lọc nước không dùng điện), Phó tổng cục trưởng Tổng cục Thuế Phạm Duy Khương nêu rõ: "Trường hợp khi công ty nhập khẩu các mặt hàng trên, mặc dù cơ quan hải quan áp dụng thuế suất VAT là 5% thì khi bán các mặt hàng này doanh nghiệp phải tính theo mức 10%. Nếu trước ngày nhận được công văn này, công ty đã tính và kê khai thuế suất 5% thì nay sẽ bị truy thu thuế suất 10%".
Đại diện cho các doanh nghiệp, ông Nguyễn Trường Sơn, Giám đốc Công ty Xuất nhập khẩu và hợp tác đầu tư VILEXIM (Bộ Thương mại) bức xúc: "Bản chất của thuế VAT là gián thu, nghĩa là đánh vào người tiêu dùng. Vì vậy, khi kinh doanh các mặt hàng trên, chúng tôi chỉ tính toán giá bán trên cơ sở thuế VAT là 5%. Nay cơ quan thuế yêu cầu truy thu, chúng tôi không thể yêu cầu người mua chịu thêm 5% nữa đối với hàng hóa đã bán từ những năm trước. Như vậy, doanh nghiệp sẽ mất oan khoảng 1 tỷ đồng".
Hướng Nguyệt