Theo quyết định ngày 12/2 của UBND tỉnh Lạng Sơn, nếu chạy hết 64 km cao tốc Bắc Giang - Lạng Sơn, tài xế xe loại 1 (xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải dưới 2 tấn) phải nộp 135.000 đồng; tài xế xe loại 5 (xe tải từ 18 tấn tở lên, xe container 40 fit) nộp 520.000 đồng.
UBND tỉnh Lạng Sơn cũng điều chỉnh mức phí trên quốc lộ 1 đoạn từ Bắc Giang đến Lạng Sơn dài 110 km, chạy song song với cao tốc. Mức thấp nhất là 52.000 đồng với xe loại 1 và cao nhất với xe loại 5 là 200.000 đồng.
Dự án cao tốc Bắc Giang - Lạng Sơn gồm 2 hợp phần: nâng cấp mặt đường quốc lộ 1 và cao tốc chạy song song quốc lộ 1. Sau khi hoàn thành cải tạo quốc lộ 1 vào đầu năm 2018, tuyến đường được thu phí vào giữa năm 2018 với mức thấp nhất là 35.000 đồng, cao nhất 180.000 đồng.
Tuyến cao tốc được thông xe vào tháng 9/2019, miễn phí cho phương tiện lưu thông một tháng dịp Tết Canh Tý.
Theo phương án tài chính ban đầu, dự án này sẽ đặt hai trạm thu phí trên quốc lộ 1 để hoàn vốn, song chủ đầu tư đã bỏ một trạm khiến giảm nguồn thu. Việc miễn thu phí một tháng cũng khiến dự án bị giảm khoảng 45 tỷ đồng. Chủ đầu tư là Công ty CP BOT Bắc Giang - Lạng Sơn đã kiến nghị tỉnh Lạng Sơn báo cáo cấp trên để có giải pháp hỗ trợ.
Cao tốc Bắc Giang - Lạng Sơn có tổng mức đầu tư gần 12.200 tỷ đồng, điểm đầu giao cắt với quốc lộ 1 tại xã Mai Sao (huyện Chi Lăng, Lạng Sơn) và điểm cuối nối với quốc lộ 1 đoạn Hà Nội - Bắc Giang. Tuyến đường hoàn thành giúp phương tiện từ Hà Nội đi Lạng Sơn chỉ mất 2,5 giờ, giảm so với 3,5 giờ nếu đi trên tuyến quốc lộ 1.