Cảnh quay, được giới thiệu trên mạng hôm 28/1, lấy cảm hứng từ tập một bộ truyện Thần đồng đất Việt mang tên Pháp sư gọi bưởi. Kịch bản phim đặt bài toán cho Tí (Hữu Khang đóng) phải lấy quả bưởi bị rơi xuống giếng thay vì hố sâu như trong nguyên tác. Cậu bé nhanh trí bảo bạn bè múc nước ở ruộng đổ đầy giếng làm lực đẩy quả bưởi trồi lên.
Nhiều khán giả cho rằng chi tiết đổ nước đầy giếng bất hợp lý, phản khoa học. Giếng thường có mạch nước ngầm ở dưới nên tuân theo nguyên tắc bình thông nhau, khó có thể đổ đầy. Độc giả Nguyen Duc Hai bình luận trên VnExpress: "Cảnh đầu phim là thấy sai rồi. Nước trong giếng là nước ngầm thì có đổ vào hoặc múc ra cũng chỉ vơi, đầy phần nào thôi. Nếu dùng máy bơm công suất lớn thì may ra lấy được quả bưởi".
Một số khán giả cho rằng nếu hiểu cuộc sống làng quê, không ai xây dựng chi tiết này. "Lấy nước ruộng đổ vào, nước giếng đó sẽ không dùng được nữa", độc giả Kangtaleo68 bình luận. Độc giả An nói êkíp cho cái giếng xuất hiện trong cảnh phim bất hợp lý. "Chỗ đó là ruộng lúa, có đường mương dẫn nước từ sông suối vào. Rồi đào cái giếng ở đó chi trời?".
Trái ngược, một số ủng hộ quyết định sáng tạo thoát khỏi nguyên tác của êkíp, cho rằng nhiều người soi mói tiểu tiết. "Nhiều người lấy lý do phim sai cốt truyện, rồi đòi tẩy chay. Nếu Ngô Thanh Vân làm một phim giống hệt truyện như tuổi thơ của nhiều người có thực sự hấp dẫn?... Điện ảnh cần sự sáng tạo và tâm huyết", độc giả Thub1709050 nêu ý kiến.
"Truyện cũng chỉ là tưởng tượng của tác giả. Chuyển thành phim, quý vị mong được thực tế thì cũng lạy luôn. Đừng có cứng nhắc vậy chứ! Phim giải trí là xem để thư giãn sao cứ phải soi mói, móc mỉa. Trong khi đây mới chỉ là đoạn giới thiệu ngắn?", độc giả Diemphuongdiem bình luận.
Studio68 quyết định gỡ đoạn video "Trạng Tí gọi bưởi" trên trang fanpage của hãng. Đại diện truyền thông cho biết bên dựng phim cần chỉnh sửa vài chi tiết và sẽ đăng tải lại khi hoàn thiện. Tuy vậy, đại diện này nói chi tiết cần chỉnh sửa không liên quan đến các tranh cãi của khán giả.
Hơn một tháng qua, phim bị một nhóm khán giả đòi tẩy chay vì cho rằng êkíp vi phạm quyền tác giả khi làm việc với công ty Phan Thị - chủ sở hữu bản quyền truyện tranh Thần đồng đất Việt, thay vì hợp tác với họa sĩ Lê Linh - cha đẻ bộ truyện. Nhiều người cho biết sẽ không xem phim vì êkíp chưa trả quyền lợi xứng đáng cho họa sĩ.
Luật sư Nguyễn Đức Hoàng - đại diện pháp lý phía nhà sản xuất - khẳng định quá trình mua bản quyền và thực hiện bộ phim đúng theo pháp luật. Luật sư giải thích Lê Linh chỉ có quyền tác giả với bốn nhân vật của truyện tranh, quyền sở hữu vẫn là công ty Phan Thị.
Trong họp báo chiều 24/1 tại TP HCM, Ngô Thanh Vân nói đầu tư 43 tỷ đồng cho Trạng Tí, đồng thời lo lắng khi phim bị một bộ phận khán giả tẩy chay. Cô tự nhận có lỗi vì không nhận ra khúc mắc trong vụ tranh chấp quyền tác giả giữa công ty Phan Thị và họa sĩ Lê Linh, khiến phim bị ảnh hưởng.