Kịch bản 1 là đầu tư xây dựng mới tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc Nam đường đôi, khổ ray 1.435 mm, dài 1.545 km, tốc độ thiết kế 350 km/h, tải trọng 17 tấn mỗi trục, chỉ khai thác tàu khách. Tuyến đường sắt Bắc Nam hiện hữu được nâng cấp để chuyên chở hàng, chở khách du lịch và khách chặng ngắn. Tổng vốn đầu tư khoảng 67,32 tỷ USD.
Theo đơn vị tư vấn, ưu điểm của kịch bản này là giải phóng mặt bằng và chi phí đầu tư thấp hơn hai phương án khác, song không có khả năng tăng công suất nếu nhu cầu vận tải hàng hóa trên tuyến đường sắt hiện hữu quá tải và kết nối vận tải hàng hóa liên vận quốc tế không thuận lợi vì các nước đều dùng ray 1.435 mm.
Kịch bản 2 xây dựng mới tuyến đường sắt Bắc Nam đường đôi, khổ ray 1.435 mm, tải trọng 22,5 tấn mỗi trục, khai thác chung cả tàu chở khách và chở hàng, tốc độ thiết kế 200-250 km/h, chạy tàu hàng tối đa 120 km/h. Tuyến đường sắt Bắc Nam hiện hữu được hiện đại hóa để chuyên chở hàng, chở khách du lịch và khách chặng ngắn. Tổng vốn đầu tư khoảng 72,02 tỷ USD.
Ưu điểm của kịch bản 2 là vận chuyển cả hành khách và hàng hóa trên cùng tuyến. Kết nối liên vận quốc tế thuận lợi, song tốc độ lưu thông thấp.
Kịch bản 3 là đầu tư tuyến đường sắt Bắc Nam đường đôi, khổ ray 1.435 mm, tải trọng 22,5 tấn mỗi trục, tốc độ thiết kế 350 km/h, khai thác tàu chở khách và dự phòng cho chở hàng khi có nhu cầu. Tổng vốn đầu tư dự án 68,98 tỷ USD. Nếu đầu tư hạ tầng, thiết bị, phương tiện để khai thác tàu hàng chạy Bắc Nam thì vốn đầu tư dự án khoảng 71,69 tỷ USD.
Với kịch bản này, tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc Nam được làm mới hoàn toàn với 60% là cầu, 10% hầm, 30% chạy trên nền đất. Toàn tuyến có 23 ga khách, 5 khu bảo dưỡng, sửa chữa, 40 cơ sở bảo trì hạ tầng, 5 ga hàng, 28 km tuyến nối ga để khai thác chạy tàu hàng khi nhu cầu hàng hóa vượt quá năng lực khai thác.
Ưu điểm của kịch bản 3 là tàu vận tải riêng hành khách nên tốc độ cao, tiện nghi, an toàn, có khả năng cạnh tranh với phương tiện khác, thị phần vận tải trên hành lang Bắc Nam được tái cơ cấu theo hướng tối ưu hơn. Ngoài ra, phương án này có khả năng vận tải hàng hóa trong trường hợp năng lực của tuyến đường sắt Bắc Nam hiện hữu quá tải.
Tuy nhiên, nhược điểm của kịch bản này là chi phí đầu tư cao, chênh lệch tốc độ giữa tàu khách với tàu hàng càng lớn làm giảm năng lực thông qua.
Trong văn bản góp ý mới đây, Bộ Xây dựng lựa chọn kịch bản 3 và đề nghị Bộ Giao thông Vận tải phối hợp các địa phương có dự án chạy qua giữ nguyên thỏa thuận hướng tuyến khi làm quy hoạch tỉnh, tránh điều chỉnh làm phát sinh chi phí đầu tư. Bộ này cũng lưu ý chi phí đầu tư dự án lên tới hàng chục tỷ USD nên để đảm bảo tính khả thi, Bộ Giao thông Vận tải cần bổ sung căn cứ pháp lý để đề xuất sơ bộ tổng vốn đầu tư.
Như vậy, so với những đề xuất trước đó, Bộ Giao thông Vận tải đã bổ sung kịch bản 3. Năm 2019, Bộ này trình Chính phủ báo cáo tiền khả thi dự án đường sắt tốc độ cao Bắc Nam. Đây là tuyến đường đôi khổ 1.435 mm, điện khí hóa, tốc độ thiết kế 350 km/h, tốc độ khai thác 320 km/h.
Cuối năm 2022, Tư vấn thẩm tra dự án đã nêu một số nhược điểm nếu đầu tư đường sắt tốc độ 350 km/h và kiến nghị phương án vừa chở khách, vừa chở hàng, tốc độ khai thác 225 km/h cho tàu khách, 160 km/h cho tàu hàng, vốn đầu tư hơn 61 tỷ USD. Ban cán sự đảng Chính phủ, Hội đồng thẩm định nhà nước đã yêu cầu Bộ Giao thông Vận tải nghiên cứu thêm phương án này.
Đầu tháng 10/2023, Thủ tướng thành lập Ban chỉ đạo xây dựng, thực hiện Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao Bắc Nam, trong đó giao Bộ Giao thông Vận tải là cơ quan thường trực, lấy ý kiến các thành viên Ban chỉ đạo về các kịch bản đầu tư. Trong cuộc họp Ban chỉ đạo cuối tháng 10, Phó thủ tướng Trần Hồng Hà, Trưởng ban chỉ đạo, cho rằng phát triển đường sắt tốc độ cao Bắc Nam phải đồng bộ, hiện đại, phù hợp xu thế của thế giới, tốc độ thiết kế 350 km/h.
Về tiến độ, kết luận của Bộ Chính trị đặt mục tiêu đến năm 2025 hoàn thành phê duyệt chủ trương đầu tư dự án đường sắt tốc độ cao Bắc Nam và khởi công trước 2030. Các đoạn đường sắt tốc độ cao Hà Nội - Vinh và TP HCM - Nha Trang được ưu tiên khởi công trong giai đoạn 2026-2030; phấn đấu hoàn thành toàn tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc Nam trước năm 2045.