Trong quyết định thi hành kỷ luật, Tỉnh ủy và UBKT Tỉnh ủy Phú Thọ xác định đại tá Lý chịu trách nhiệm chính, trách nhiệm người đứng đầu về những vi phạm, khuyết điểm của Chi ủy Phòng An ninh điều tra Công an tỉnh Phú Thọ nhiệm kỳ 2015-2020 (giai đoạn 2019-2020) và 2020-2025.
Ông cũng chịu trách nhiệm trực tiếp về các vi phạm, khuyết điểm cá nhân như vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ, quy chế làm việc của Đảng ủy Công an tỉnh, quy chế làm việc của Phòng An ninh điều tra, Chỉ thị số 26 ngày 9/11/2018 của Bộ Chính trị; vi phạm Quy định số 47 ngày 1/11/2011 về những điều đảng viên không được làm.
Đại tá Lý trực tiếp chỉ đạo Hoàng Phương Nam (Trưởng Công an huyện Hạ Hòa (nguyên Chi ủy viên nhiệm kỳ 2020-2021, nguyên Phó Trưởng phòng, nguyên Phó Thủ trưởng Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh) xác minh, soạn thảo hai Giấy xác nhận lập công cho phạm nhân Phan Sào Nam sai sự thật. Ông Lý sau đó ký và giao một giấy cho một người khác.
Việc làm của ông Lý bị xác định vi phạm quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước và quy định của Bộ Công an; vi phạm Luật bảo vệ bí mật nhà nước và quy chế làm việc của Phòng An ninh điều tra.
Tỉnh ủy Phú Thọ cách chức tất cả chức vụ trong Đảng với thượng tá Hoàng Phương Nam do cùng chịu trách nhiệm về các vi phạm, khuyết điểm của Chi ủy Phòng An ninh điều tra Công an tỉnh nhiệm kỳ 2020-2025 trong thời gian giữ cương vị Phó Trưởng phòng, Phó Thủ trưởng Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh.
Ông Nam đồng thời chịu trách nhiệm trực tiếp khi vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ và quy chế làm việc của Phòng An ninh điều tra; vi phạm Quy định số 47 về những điều đảng viên không được làm; vi phạm quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước và quy định của Bộ Công an..
Thượng tá Nam còn vi phạm Luật bảo vệ bí mật nhà nước và quy chế làm việc của Phòng An ninh điều tra.
Liên quan sự việc, đại tá Nguyễn Văn Trường, nguyên Bí thư Đảng ủy, nguyên Giám thị Trại tạm giam Công an tỉnh Phú Thọ; thượng tá Thạch Văn Thắng, nguyên Phó Bí thư Đảng ủy, nguyên Phó Giám thị Trại tạm giam Công an tỉnh Phú Thọ, cùng bị cảnh cáo.
Với cương vị nguyên Bí thư Đảng ủy, nguyên Giám thị Trại tạm giam Công an tỉnh, đại tá Trường chịu trách nhiệm chính, trách nhiệm người đứng đầu về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy Trại tạm giam Công an tỉnh nhiệm kỳ 2015-2020.
Trong thời gian giữ cương vị Bí thư Đảng ủy, Giám thị Trại tạm giam, ông đã vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ và quy chế của Đảng ủy; vi phạm Quy định số 47 về những điều đảng viên không được làm. Ông trực tiếp ký quyết định cho 2 bị cáo thăm gặp, chỉ đạo cán bộ ký, ghi nhận xét, xếp loại tốt và trực tiếp hướng dẫn phạm nhân Phan Sào Nam viết đơn trình bày có nội dung không đúng thực tế.
Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Phú Thọ đánh giá thượng tá Thắng cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy Trại tạm giam Công an tỉnh nhiệm kỳ 2015-2020.
Ông cũng chịu trách nhiệm khi trực tiếp ký nhận xét với phạm nhân Phan Sào Nam không đúng thực tế, sai sự thật, vi phạm quy định của Bộ Công an, vi phạm Quy định số 47 về những điều đảng viên không được làm.
Các quyết định kỷ luật căn cứ yêu cầu của Ủy ban Kiểm tra Trung ương; xét báo cáo xem xét, đề nghị thi hành kỷ luật của Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Phú Thọ. Vi phạm của 4 người trên bị xác định rất nghiêm trọng, gây bức xúc trong xã hội, ảnh hưởng tới công tác đấu tranh, phòng, chống tội phạm và làm ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng, ngành công an.
3 tháng trước, Ủy ban Kiểm tra Trung ương xác định một số cán bộ tại TAND tỉnh Quảng Ninh có sai phạm khi giảm thời hạn chấp hành án phạt tù cho Phan Sào Nam. Ủy ban vì thế kỷ luật cảnh cáo Ban cán sự đảng TAND tỉnh Quảng Ninh các nhiệm kỳ 2015-2020 và 2020-2025; cảnh cáo ông Hoàng Văn Tiền, Tỉnh ủy viên, Bí thư Ban cán sự đảng, Bí thư Đảng ủy, Chánh án TAND tỉnh; bà Phạm Thị Hương Giang, Uỷ viên Ban cán sự đảng, Phó Bí thư Đảng ủy, Phó Chánh án TAND tỉnh; Nguyễn Trí Chinh, Uỷ viên Ban cán sự đảng, Phó Chánh án TAND tỉnh; Nguyễn Thúy Hằng, Bí thư Chi bộ, Chánh Tòa Dân sự và Nguyễn Thị Thu Hiền, Phó Trưởng Phòng Kiểm tra nghiệp vụ và Thi hành án, TAND tỉnh Quảng Ninh.
Phan Sào Nam là một trong hai chủ mưu của đường dây đánh bạc trực tuyến núp bóng game bài, bị phạt 5 năm tù trong phiên tòa mở cuối năm 2018 tại TAND tỉnh Phú Thọ. Nam sau đó thụ án tại Quảng Ninh, được ra tù ngày 6/2, sớm 22 tháng so với thời hạn. Trong phán quyết giám đốc thẩm ra tháng 11, TAND Cấp cao buộc Nam quay lại trại giam, thụ án nốt thời gian còn lại.