Theo cáo trạng ra ngày 22/1, Nguyễn Thị Bích Hằng, Kế toán trưởng Công ty Nhật Cường và Nguyễn Ngọc Bảo, Giám đốc tài chính Công ty Nhật Cường, bị truy tố về tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng.
13 người còn lại bị truy tố về tội Buôn lậu, trong đó có 9 người từng làm việc tại Nhật Cường, gồm: Trần Ngọc Anh (Phó tổng giám đốc); Nguyễn Bảo Ngọc (Giám đốc tài chính); Đỗ Quốc Huy (Giám đốc bán hàng); Trần Tất Khoa (Giám đốc Công ty Nhật Cường, Quảng Châu, Trung Quốc); Hoàng Văn Phong (Trưởng ngành hàng Apple, Công ty Nhật Cường); Mai Tiến Dũng (Trưởng ngành hàng Điện thoại cũ, Công ty Nhật Cường); Bùi Quốc Việt (nhân viên); Nông Văn Lư (nhân viên); Lê Hoài Phương (nhân viên).
7 người liên quan đang bỏ trốn, trong đó có chủ mưu Bùi Quang Huy, Tổng giám đốc Nhật Cường. Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an tách hồ sơ của những người này về các hành vi rửa tiền và vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng để xử lý sau.
VKS cáo buộc, từ năm 2014 đến ngày 9/5/2019, Bùi Quang Huy cùng đồng phạm đã mua hơn 2.500 đơn hàng với trên 255.300 sản phẩm (điện thoại iPhone, máy tính, máy tính bảng, máy nghe nhạc, Apple TV, đồng hồ và một số điện thoại nhãn hiệu khác) của nhiều chủ hàng tại Mỹ, UAE, Singapore, Hong Kong... Tổng trị giá 2.900 tỷ đồng.
Nhật Cường không ký hợp đồng với các nhà cung cấp để nhập khẩu chính ngạch mà chi 72,9 tỷ đồng vận chuyển trái phép. Huy sử dụng 9 đường dây chuyển lậu từ Hong Kong về Việt Nam. Hàng theo đường biển về cảng Hải Phòng, theo đường hàng không về qua sân bay Nội Bài và đường bộ từ Quảng Châu (Trung Quốc) về khu vực biên giới tại các tỉnh Lạng Sơn, Quảng Ninh.
Riêng đường hàng không, cơ quan điều tra làm rõ từ 1/2016 đến tháng 11/2017, Nhật Cường tổ chức vận chuyển trái phép qua sân bay Nội Bài với thủ đoạn lập khống hồ sơ hải quan 322 đơn hàng cho 40.000 sản phẩm, tổng trị giá 549 tỷ đồng. Điều này giúp doanh nghiệp hưởng lợi 39 tỷ đồng.
Từ tháng 11/2017 đến tháng 9/2018, Nhật Cường tiếp tục vận chuyển trái phép 183 đơn hàng với gần 17.000 sản phẩm, tổng trị giá 307 tỷ đồng.
Thông qua hệ thống các cửa hàng của mình, Nhật Cường đã tiêu thụ 254.364 sản phẩm, thu trên 3.200 tỷ đồng, hưởng lợi hơn 221 tỷ đồng. Ông chủ Nhật Cường bị cáo buộc đã "trực tiếp chỉ đạo toàn diện, phân công nhiệm vụ cụ thể", trực tiếp quyết định các giao dịch mua hàng.
Về vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng, Bùi Quang Huy chỉ đạo kế toán trưởng Nguyễn Thị Bích Hằng và Ngọc ghi chép số liệu liên quan hoạt động kinh doanh của Nhật Cường tại hai hệ thống số sách trên phần mềm. Việc này nhằm che giấu hoạt động kinh doanh bất hợp pháp, tránh sự kiểm tra, phát hiện của các cơ quan chức năng.
Nhiều số liệu về tài sản, nguồn vốn, doanh thu, lợi nhuận, chi phí, tiền đầu tư cho các công ty chỉ được ghi chép trên phần mềm theo dõi nội bộ, không ghi chép trên phần mềm dùng cho việc báo cáo thuế, báo cáo tài chính.. Hành vi này gây hậu quả nghiêm trọng cho tài sản nhà nước gần 30 tỷ đồng, VKS cáo buộc.
Liên quan vụ án Nhật Cường, tháng 12/2020, ông Nguyễn Đức Chung, cựu chủ tịch UBND Hà Nội, bị phạt 5 năm tù về tội Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước.
Theo bản án, ông Chung và vợ là người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan trong vụ án Nhật Cường nên nhờ điều tra viên Phạm Quang Dũng (cán bộ Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về kinh tế, tham nhũng, buôn lậu, Bộ Công an) thu thập và "nắm thông tin về hướng điều tra". Từ tháng 7/2019 đến 6/2020, ông Chung đã nhận 6 tài liệu mật về vụ án.