Ngày 17/1/2013, Thanh tra Chính phủ công bố kết luận thanh tra cho rằng qua kiểm tra 46/1.061 dự án (4,3% tổng số dự án), Thanh tra Chính phủ phát hiện:
- UBND TP Đà Nẵng đã giao cho các ban quản lý dự án và một số công ty thực hiện chức năng quản lý quỹ đất, ký hợp đồng chuyển nhượng quyền sử dụng đất cho các tổ chức, cá nhân để đầu tư xây dựng cơ sở sản xuất kinh doanh và xây dựng nhà để bán và cho thuê không tuân thủ các quy định của pháp luật về đất đai.
- Nhiều nhà đầu tư sau khi ký hợp đồng chuyển nhượng quyền sử dụng đất, được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đã không thực hiện đầu tư, tiếp tục chuyển nhượng cho nhà đầu tư khác thu chênh lệch số tiền rất lớn, làm thất thu ngân sách nhà nước, gây thiệt hại lớn về kinh tế.
- Việc UBND TP Đà Nẵng giảm 10% tiền sử dụng đất phải nộp cho các hộ được bố trí đất tái định cư, các tổ chức, cá nhân được giao đất, nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất là không đúng đối tượng và trái với quy định, gây thất thu ngân sách hơn 446 tỉ đồng đối với các hộ tái định cư và hơn 867 tỉ đồng đối với các tổ chức, cá nhân...
Sau khi xem xét kết luận thanh tra, Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý với các kiến nghị gồm: kiểm điểm chủ tịch, các phó chủ tịch UBND TP Đà Nẵng, các tổ chức, cá nhân có liên quan (thời kỳ 2003-2011) đến việc xác định giá thu tiền sử dụng đất, giảm tiền sử dụng đất phải nộp, gây thất thu ngân sách hơn 3.434 tỉ đồng.