Nội dung kháng nghị phù hợp với đề nghị của đại diện Viện kiểm sát tại phiên tòa trước đó. Viện kiểm sát cho rằng mức hình phạt mà tòa án sơ thẩm đã tuyên chưa nghiêm. Các bị cáo trên đã cấu kết với nhau dù chỉ trong thời gian ngắn nhưng có người chỉ huy tấn công và kết thúc hành động phạm tội. Hung khí được chuẩn bị trước và có sự phân công rõ. Mặt khác, các bị cáo này đều có quan hệ thân thuộc với nhau nên phải xem theo hướng phạm tội có tổ chức.
Cũng theo Viện kiểm sát, chính Nguyễn Văn Vạn là người chỉ huy đồng bọn và cùng bị cáo Hạnh gây ra cái chết cho nạn nhân Quân cũng như trực tiếp chém anh Nam. Hơn nữa, bị cáo Vạn lại sắp xếp cho bị cáo Nguyễn Khắc Đại ra đầu thú và khai báo gian dối gây cản trở cho việc điều tra khiến vụ án kéo dài nhiều năm. Cùng với thái độ khai báo không thành khẩn tại tòa, bị cáo Vạn không hề có hướng phục thiện. Vì vậy, theo Viện, phải áp dụng mức hình phạt cao nhất mới thỏa đáng.
Bị cáo Nguyễn Văn Hạnh cũng là người trực tiếp thực hiện hành vi phạm tội. Ngoài ra, sự có mặt của Hạnh còn là động cơ giúp Đại thực hiện hành vi phạm tội.
Mai Phương