Việc đấu thầu gói số 1 bắt đầu từ tháng 6/2000 với 14 nhà thầu tham gia vòng sơ tuyển. 7 trong số này được chấp nhận đưa vào danh sách mời thầu. Vì điều kiện phía Việt Nam đặt ra là nhà thầu phải tự thu xếp tài chính nên các công ty đơn lẻ đã hợp tác với nhau thành 2 liên danh để bước vào vòng đấu thầu 2 giai đoạn: liên danh Samsung (Hàn Quốc) và liên danh Technip (Pháp).
Trong quá trình đấu thầu, điều bất ngờ xảy ra là tư cách pháp nhân của liên danh Samsung bị trục trặc, do họ xin thay đối tác ABB Lummus Mỹ (tương đối có kinh nghiệm trong lĩnh vực lọc dầu) thành ABB Lummus Hà Lan (10 năm nay chỉ có một công trình duy nhất ở Ấn Độ, nhưng vẫn còn dang dở). Việc này tước bỏ năng lực kỹ thuật của liên danh, bởi ngay như Samsung, từ trước đến nay chưa từng giữ vai trò tổng thầu một công trình lọc dầu nào quy mô lớn như Dung Quất. Tuy nhiên, đề nghị này lại được HĐQT Petro VN chấp thuận.
Kết quả đấu thầu giai đoạn 1 sau đó, hồ sơ dự thầu của cả hai liên danh chưa đáp ứng yêu cầu hồ sơ mời thầu, và đều vi phạm quy chế đấu thầu. Không rõ vì lý do gì, Tổng giám đốc Nguyễn Xuân Nhậm vẫn chấp nhận kết quả này, và phê duyệt các sửa đổi, bổ sung hồ sơ mời thầu giai đoạn 2 mà không thông qua HĐQT Petro VN, không báo cáo Chính phủ theo quy định trong quy chế đặc cách với công trình Dung Quất.
Cả 2 liên danh tiếp tục vào giai đoạn 2. Hồ sơ ban đầu của cả Samsung và Technip đều có những điểm chưa rõ ràng, và họ không chịu trách nhiệm bảo hành. Thậm chí Technip còn đề xuất sửa đổi phương án thiết kế đặt ra trong hồ sơ mời thầu, mà theo họ có thể tiết kiệm phí đầu tư 7,5-10 triệu USD. Trường hợp này lẽ ra phải báo cáo Chính phủ, thì lãnh đạo Petro Việt Nam lại tự ý nới tay, cho phép cả 2 liên danh bổ sung tài liệu và giải thích ý đồ của họ. Sau đó họ tự ý loại Technip ra khỏi cuộc đua, trong khi theo các chuyên gia, nhà thầu này phải xếp hạng thứ nhất vì tập hợp được những công ty có kinh nghiệm trong lĩnh vực lọc dầu. Lãnh đạo Petro VN sau đó cho phép Liên doanh Nhà máy lọc dầu Dung Quất mời liên danh Samsung tới đàm phán hợp đồng.
Những khuất tất trên đã buộc Chính phủ phải vào cuộc. Đầu tháng 2/2002, Thủ tướng có ý kiến chỉ đạo không chấp nhận kết quả đánh giá gói thầu của Tổng công ty Dầu khí, và tới tháng 4, yêu cầu Liên doanh Nhà máy lọc dầu Dung Quất mời Technip thương thảo hợp đồng gói thầu số 1.
Đến lúc này, tiến độ triển khai dự án đã chậm khoảng 3 năm so với kế hoạch đề ra của Chính phủ, và chậm khoảng 9 tháng so với tiến độ của liên doanh. Sự chậm trễ đó đe dọa hiệu quả kinh tế của dự án, bởi thời điểm phá bỏ hàng rào thuế quan theo AFTA đã đến gần (năm 2006). Ngoài ra, theo lãnh đạo tỉnh Quảng Ngãi - nơi xây dựng Nhà máy lọc dầu Dung Quất - nhiều dự án đầu tư hạ tầng, tiện ích và dịch vụ thi công đã hoàn tất nhưng không thể đưa vào khai thác do gói thầu chính - trị giá 742 triệu USD trong tổng vốn đầu tư dự án Dung Quất khoảng 1,5 tỷ USD - không triển khai được. Khu công nghiệp Dung Quất tỉnh đặt nhiều hy vọng, vì những trục trặc trên cũng không thu hút được vốn đầu tư bên ngoài.
Nghĩa Nhân