Năm 2012, ĐH Tài chính - Marketing chịu trách nhiệm tổ chức thi nâng ngạch lên chuyên viên của Tổng cục thuế và Kho bạc Nhà nước do Bộ Tài chính quyết định. Ông Hứa Minh Tuấn, phó hiệu trưởng tham gia ban chỉ đạo và đã cử ra 41 giảng viên làm nhiệm vụ coi thi, 5 giảng viên dự bị coi thi và 5 nhân viên phục vụ các hoạt động khác.
Sau khi xem thi, trường đã cho mỗi cán bộ, giảng viên ký nhận 1,2 triệu đồng, ngoài ra còn nhận phong bì 3 triệu đồng không qua ký nhận. Số tiền này được cho là tiền bồi dưỡng của các học viên tham gia kỳ thi. Theo Bộ Tài chính thì việc chi tiền và nhận tiền từ học viên là trái với quy định, không đúng với thẩm quyền của trường.
Cũng trong kết luận thanh tra, ĐH Tài chính - Marketing đã mở ngành, đào tạo trái với quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Cụ thể, tháng 8/2011 trường này đã được Bộ Giáo dục cấp phép hoạt động cho chương trình liên kết với một ĐH của Malaysia để đào tạo thạc sĩ ngành Quản trị kinh doanh.
Theo giấy phép này, mỗi khóa học sẽ kéo dài 18 tháng, chương trình đào tạo do ĐH Malaysia chịu trách nhiệm xây dựng gồm 13 môn, 39 tín chỉ; giảng dạy bằng tiếng Anh; đội ngũ giảng viên. Quy mô 40 học viên/khóa, mỗi năm tuyển sinh 2 khóa với mức phí 9.900 USD/học viên, ĐH của nước ngoài sẽ chịu trách nhiệm cấp bằng... Tuy nhiên, trên thực tế ĐH Tài chính - Marketing lại phối hợp với Viện Nghiên cứu Kinh tế - Tài chính TP HCM (một tổ chức tư nhân) để cùng tuyển sinh, triển khai đào tạo.
Trong đó, Viện Nghiên cứu Kinh tế - Tài chính TP HCM chịu trách nhiệm chính trong việc tuyển sinh, đào tạo và thụ hưởng tới 85% từ nguồn thu. Còn ĐH Tài chính - Marketing thụ hưởng 15% sau khi cả hai bên đã chi trả cho ĐH ở Malaysia. Việc liên kết đào tạo này được cho là trái với quy định và giấy phép.
Ngoài ra, trường cũng bỏ quy định trích lại 5% trên tổng số thu của khóa học do các khoa, phòng tổ chức để phục vụ giao tiếp và bổ sung quỹ phúc lợi; bổ nhiệm và xếp ngạch lương cho một số cán bộ không đúng quy định...
Bộ Tài chính đã yêu cầu trường ĐH Tài chính - Marketing phải rà soát lại các sai phạm và khắc phục các tồn đọng trong trường và báo cáo lại trước ngày 31/12.
Nguyễn Loan