Trung tâm Kiểm soát bệnh tật TP HCM thành lập từ 7 đơn vị gồm Trung tâm Y tế dự phòng, Trung tâm Truyền thông giáo dục sức khỏe, Trung tâm Dinh dưỡng, Trung tâm Phòng chống HIV/AIDS, Trung tâm Chăm sóc sức khỏe sinh sản, Trung tâm Bảo vệ sức khỏe lao động và Môi trường, Trung tâm Kiểm dịch y tế quốc tế.
Lộ trình dự kiến trong năm 2019 CDC sẽ sáp nhập 6 trung tâm. Tháng 1/2020 sáp nhập tiếp Trung tâm Kiểm dịch y tế quốc tế.
Bác sĩ Nguyễn Trí Dũng, Giám đốc Trung tâm y tế dự phòng TP HCM được bổ nhiệm làm giám đốc CDC. Bác sĩ Huỳnh Ngọc Thành, Phó giám đốc Trung tâm truyền thông và giáo dục sức khỏe TP HCM, cùng bác sĩ Phan Thanh Tâm, Phó giám đốc Trung tâm dinh dưỡng TP HCM, đồng Phó giám đốc CDC.
Giáo sư Nguyễn Tấn Bỉnh, Giám đốc Sở Y tế TP HCM, đánh giá việc thành lập Trung tâm Kiểm soát bệnh tật là xu hướng tất yếu nhằm tinh giản biên chế, sắp xếp tổ chức bộ máy, giảm đầu mối nhưng vẫn bảo đảm hiệu quả.
Trung tâm có chức năng phòng chống dịch bệnh truyền nhiễm, bệnh không lây nhiễm, tác động của các yếu tố nguy cơ ảnh hưởng tới sức khỏe, quản lý sức khỏe cộng đồng, khám phát hiện, điều trị dự phòng...
Trong thời gian đầu, Trung tâm Kiểm soát bệnh tật TP HCM hoạt động tại trụ sở Trung tâm Y tế dự phòng TP HCM ở quận 5. Trụ sở trung tâm đang được xây mới tại quận 8.