Quyết định khiển trách được ban hành sau 2 tháng Ủy ban Kiểm tra Trung ương kết luận về các vi phạm xảy ra tại Bộ Y tế giai đoạn 2016-2021. Tuy nhiên, nội dung cụ thể chưa được công bố.
Đầu tháng 11/2021, Ban cán sự Đảng Bộ Y tế nhiệm kỳ 2016-2021 bị Uỷ ban Kiểm tra Trung ương xác định đã vi phạm các nguyên tắc hoạt động của Đảng, Quy chế làm việc của Ban cán sự Đảng; thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, để Bộ Y tế, Cục Quản lý Dược, nhiều đơn vị, cơ sở khám chữa bệnh và cá nhân vi phạm quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước.
Các vi phạm xảy ra ở công tác xây dựng, ban hành thể chế, chính sách; cấp phép nhập khẩu thuốc, thực hiện liên doanh liên kết, đấu thầu, mua sắm thuốc, trang thiết bị y tế và vật tư tiêu hao...
Ủy ban Kiểm tra Trung ương đề nghị Bộ Chính trị, Ban Bí thư xem xét, thi hành kỷ luật Ban cán sự Đảng Bộ Y tế nhiệm kỳ này và hai cá nhân là bà Nguyễn Thị Kim Tiến, Trưởng Ban Bảo vệ, chăm sóc sức khỏe cán bộ Trung ương, nguyên Bộ trưởng Y tế và ông Trương Quốc Cường, Thứ trưởng Y tế.
Ngoài khai trừ ra khỏi Đảng và cách hết chức vụ trong Đảng với một số người, Cơ quan Kiểm tra Trung ương cũng khiển trách ông Sơn, Ủy viên Ban cán sự Đảng, Thứ trưởng Y tế; Nguyễn Thế Thịnh, Bí thư Chi bộ, Cục trưởng Quản lý Y, Dược cổ truyền; Vũ Tuấn Cường, Đảng ủy viên Bộ Y tế, Bí thư Đảng ủy, Cục trưởng Quản lý Dược; Nguyễn Trí Dũng, Bí thư Chi bộ, Giám đốc Trung tâm mua sắm tập trung thuốc quốc gia.
Ông Sơn giữ cương vị Thứ trưởng Y tế từ tháng 11/2018, trước đó làm Giám đốc Bệnh viện Chợ Rẫy, TP HCM. Ông có nhiều đóng góp cho ngành y tế, đặc biệt là phát triển kỹ thuật cao trong ghép tạng. Khi Covid-19 xảy ra, ông có mặt tại nhiều điểm nóng như tâm dịch Bắc Giang - Bắc Ninh, TP HCM...