Thảm thực vật ở Kon Tum đa dạng, thể hiện nhiều loại rừng khác nhau trong nền cảnh chung của đới rừng nhiệt đới gió mùa. Về tài nguyên rừng, tỉnh Kon Tum có khoảng hơn 300 loài thực vật thuộc hơn 180 chi và 75 họ thực vật có hoa. Trong đó, nổi bật nhất ở Kon Tum là rừng rậm, trong rừng rậm có quần hợp chủ đạo là thông hai lá, dẻ, re, pơmu, đỗ quyên.
Vùng núi Ngọc Linh ở Kon Tum có nhiều cây dược liệu quý như sâm Ngọc Linh, đẳng sâm, hà thủ ô và quế. Sâm Ngọc Linh (danh pháp khoa học Panax vietnamensis) là một loài cây thuộc họ cam tùng, còn gọi là sâm Việt Nam, sâm Khu Năm, sâm trúc. Sâm Ngọc Linh cũng là loại nhân sâm thứ 20 được tìm thấy trên thế giới.
Những củ sâm Ngọc Linh có tuổi trên 20 năm được trưng bày trong tủ kính lớn. Ảnh: Ngọc Thành
Hệ sinh thái động vật trong rừng của Kon Tum cũng đa dạng, nhiều loài quý hiếm: 165 loài chim, 88 loài thú; đáng chú ý với các loài động vật ăn cỏ như: voi, bò rừng, bò tót, trâu rừng, nai, hoẵng. Kon Tum còn có nhiều loại chim quý cần được bảo vệ như công, trĩ sao, gà lôi lông tía và gà lôi vằn.