Trong đơn, Phú Mỹ Hưng yêu cầu Bộ Kế hoạch và Đầu tư hủy bỏ những nội dung của Giấy phép đầu tư sửa đổi 602/GP vì trái với Giấy phép đầu tư ban đầu.
Liên doanh Phú Mỹ Hưng được thành lập và hoạt động theo Giấy phép đầu tư số 602/GP của Ủy ban Nhà nước về Hợp tác và Đầu tư (nay là Bộ Kế hoạch và Đầu tư) cấp ngày 19/5/1993. Giấy phép ban đầu này quy định rằng: Công ty Liên doanh Phú Mỹ Hưng được thực hiện các hoạt động kinh doanh, mà theo đó sẽ phải trả thuế lợi tức (nay là thuế thu nhập doanh nghiệp) với thuế suất là 10%. Thuế suất này được áp dụng cho toàn bộ thời hạn hoạt động 50 năm của Công ty Liên doanh Phú Mỹ Hưng.
Tuy nhiên, theo đơn kiện, vào ngày 20/10/2003, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã ra quyết định sửa đổi Giấy phép đầu tư trên. Theo đó, tách riêng phần kinh doanh công trình dân dụng để đánh thuế thu nhập doanh nghiệp là 25% (bao gồm cả phần đất mà Công ty Liên doanh Phú Mỹ Hưng đã xây dựng xong hạ tầng).
Ngày 7/11/2003, Phú Mỹ Hưng đã khiếu nại quyết định sửa đổi vì cho rằng: Thứ nhất, công ty có chức năng xây dựng kinh doanh nhà và chuyển quyền sử dụng đất có cơ sở hạ tầng đối với dự án phát triển Khu đô thị mới Phú Mỹ Hưng. Thứ hai, căn cứ theo mức thuế thu nhập doanh nghiệp quy định trong Giấy phép thành lập thì Công ty chưa phải thực hiện các nghĩa vụ về thuế theo yêu cầu của Bộ Tài chính.
Hơn thế, theo Phú Mỹ Hưng, hoạt động “xây dựng và kinh doanh đô thị mới” không thể quan niệm là hoạt động khác với hoạt động kinh doanh “công trình dân dụng” để Công ty phải chịu thuế suất 25% thay vì thuế suất 10% của Giấy phép đầu tư ban đầu số 602/GP.
Tuy nhiên, khiếu nại trên không được Bộ Kế hoạch và Đầu tư chấp thuận.
Đơn kiện của Phú Mỹ Hưng gửi tòa án chiều nay nêu rõ: Mức thuế thu nhập doanh nghiệp 10% của Giấy phép đầu tư số 602/GP thể hiện sự ưu đãi của Nhà nước Việt Nam nhằm khuyến khích cho người đi tiên phong đầu tư vào lĩnh vực cơ sở hạ tầng ở vùng đất mới. Áp dụng mức thuế suất 25% và không miễn giảm là đánh đồng nhà đầu tư ban đầu với nhà đầu tư thứ cấp, đánh đồng nhà đầu tư đi trước với nhà đầu tư đi sau. Hơn nữa, thuế suất 10% cũng đã được các cơ quan thẩm quyền cấp giấy phép cân nhắc ưu đãi trên cơ sở ngoài nghĩa vụ tài chính về thuế, Phú Mỹ Hưng còn phải kèm theo nghĩa vụ tài chính rất lớn khác mà các dự án hạ tầng khác (chịu thuế suất 25%) không phải chịu như: đầu tư hoàn chỉnh con đường dài 17,8 km, rộng 60 m với 10 làn xe và bàn giao không bồi hoàn 150 ha đất đã được san lấp và xây dựng cơ sở hạ tầng cho UBND TP HCM.
Ngoài yêu cầu huỷ bỏ giấy phép đầu tư sửa đổi, Phú Mỹ Hưng đề nghị Bộ Kế hoạch - Đầu tư chịu trách nhiệm bồi thường thiệt hại về bất kỳ tổn thất hay thiệt hại kinh tế nào phát sinh như là hậu quả của quyết định sửa đổi giấy phép đầu tư ban đầu, trả tất cả chi phí pháp lý. Hiện Phú Mỹ Hưng vẫn đang tính toán mức thiệt hại cụ thể.
Quyết định khởi kiện Bộ Kế hoạch và Đầu tư được đưa ra sau cuộc họp Hội đồng quản trị bất thường của Phú Mỹ Hưng ngày 16/8. Luật sư của liên doanh sẽ là Công ty Luật Fresfields (Anh) và Văn phòng luật sư Tư vấn Độc lập (Independent Consultants Co., Ltd).
Tuấn Dũng