Ngày 12/9, Văn phòng Chính phủ có văn bản truyền đạt ý kiến chỉ đạo của Phó thủ tướng Vũ Đức Đam yêu cầu TP Hà Nội và các đơn vị liên quan sớm hoàn thiện hồ sơ về phương án thiết kế, thi công ga ngầm C9 (ga hồ Hoàn Kiếm) thuộc dự án đường sắt đô thị Hà Nội, tuyến số 2, đoạn Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo.
TP Hà Nội được giao phối hợp với Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch, Bộ Tư pháp nghiên cứu, đề xuất phương án thiết kế, thi công nhà ga C9 "đảm bảo đúng quy định pháp luật về di sản văn hoá".
Phó thủ tướng yêu cầu Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch, Bộ Tư pháp "có ý kiến chính thức bằng văn bản" về phương án xây dựng nhà ga hồ Hoàn Kiếm do TP Hà Nội đề xuất để sớm hoàn thiện hồ sơ, báo cáo Thủ tướng.
Tháng 3/2018, mô hình tổng mặt bằng ga ngầm C9 nằm cạnh hồ Hoàn Kiếm được trưng bày lấy ý kiến nhân dân. Vị trí ga được đề xuất đặt trong khuôn viên công viên bờ hồ Hoàn Kiếm. Thân ga chính được bố trí ngầm dưới phố Đinh Tiên Hoàng, kích thước dài 150 m, rộng hơn 21 m, sâu trên 17 m và có 3 tầng (tầng trung chuyển, tầng thiết bị và tầng ke ga).
Khoảng cách ngắn nhất từ thân ga C9 tới Hồ Gươm là khoảng 10 m; tới tượng đài tưởng niệm Cảm tử quân khoảng 81 m; tới đền Bà Kiệu khoảng 83 m; tới Tháp Bút khoảng 36 m; tới vườn hoa tượng đài Lý Thái Tổ khoảng 120 m.
Tuy nhiên, vị trí xây dựng ga ngầm C9 gần hồ Hoàn Kiếm gây tranh cãi giữa TP Hà Nội và nhiều đơn vị trong thời gian dài. Tháng 8/2018, Bộ văn hoá yêu cầu TP Hà Nội tịnh tiến thân ga về phía đông đường Đinh Tiên Hoàng để ra xa vùng bảo vệ 2 của di tích quốc gia đặc biệt hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn.
Cùng thời điểm trên, Ủy ban Văn hóa, Giáo dục, Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng cũng có văn bản gửi Uỷ ban Thường vụ Quốc hội và Thủ tướng, nêu rõ, ga ngầm C9 được đặt gần đền Ngọc Sơn, đền Bà Kiệu "không chỉ vi phạm Luật di sản văn hóa mà còn tiềm ẩn nhiều nguy cơ, ảnh hưởng không thể khắc phục đối với di sản, không gian văn hóa của trung tâm thủ đô".
Tháng 10/2018, UBND TP Hà Nội có văn bản gửi Thủ tướng khẳng định vị trí dự kiến xây dựng ga ngầm C9 nằm ngoài, không xâm phạm khu vực bảo vệ lõi (khu vực bảo vệ 1) và các yếu tố gốc cấu thành di tích lịch sử và danh lam thắng cảnh hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn; tuân thủ các quy định về di sản văn hoá.
Đồng thời, các tác động tiêu cực của ga C9 với di tích đã được đơn vị tư vấn nghiên cứu, tính toán kỹ lưỡng, đề xuất biện pháp thi công tiên tiến, phù hợp.
Vì vậy, TP Hà Nội đề nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ trưởng Văn hoá, Thể thao và Du lịch xem xét đồng ý với quy hoạch tổng mặt bằng ga ngầm C9 và tuyến hầm liên quan tại khu vực hồ Hoàn Kiếm để dự án được triển khai theo cam kết giữa Việt Nam và Nhật Bản.
Tuyến đường sắt đô thị số 2 có điểm đầu tại Khu đô thị Nam Thăng Long (CIPUTRA), theo đường Nguyễn Văn Huyên kéo dài - Hoàng Quốc Việt -Hoàng Hoa Thám - Thụy Khuê - Phan Đình Phùng - Hàng Giấy - Hàng Đường - Hàng Ngang - Hàng Đào - Đinh Tiên Hoàng - Hàng Bài và kết thúc trên Phố Huế (ngã tư giao với đường Nguyễn Du).
Theo phương án đã phê duyệt, tuyến đường sắt dài 11,5 km (đoạn trên cao khoảng 2,6 km, đoạn ngầm gần 9 km). Tổng đầu tư của dự án điều chỉnh là 34.678 tỷ đồng, sử dụng vốn vay ODA của Chính phủ Nhật Bản và vốn đối ứng từ ngân sách nhà nước.