Trong kết luận điều tra bổ sung vụ án gian lận điểm thi THPT năm 2018 tại Sơn La, Cơ quan An ninh điều tra (Công an tỉnh Sơn La) xác định từ ngày 29/6 đến 4/7/2018, các bị can đã câu kết mở cửa phòng xử lý bài thi trắc nghiệm ngoài giờ làm việc để tìm và sửa bài thi. Họ sau đó cùng nhau tẩy xóa phần trả lời sai để tô lại đáp án đúng cho 44 thí sinh theo "đặt hàng".
Ngày 29/6/2018, khi Tổ xử lý bài thi trắc nghiệm bắt đầu quét bài thi, bị can Nguyễn Thị Hồng Nga (chuyên viên Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La) đã bảo bị can Cầm Thị Bun Sọn (cựu Phó phòng Chính trị Tư tưởng) chọn các túi bài thi của điểm thi THPT Tô Hiệu (nơi có các thí sinh nhờ nâng điểm) để mở niêm phong quét bài thi.
Nga sau đó không niêm phong lại theo quy định. Bị can Trần Xuân Yến (cựu phó giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo) biết việc làm của cấp dưới Nga nhưng bỏ qua.
Sau giờ làm việc ngày 29/6/2018, bị can Nga, Sọn và Đặng Hữu Thủy (cựu phó hiệu trưởng trường THPT Tô Hiệu) được bị can Đỗ Khắc Hưng (cựu cán bộ phòng An ninh chính trị nội bộ) cho vào phòng tìm bài thi trắc nghiệm. Rút được các bài thi cần nâng điểm, cả ba mang về nhà riêng của Thủy.
Tại nhà Thủy, ba người đối chiếu các phiếu trả lời trắc nghiệm của thí sinh với đáp án của Bộ Giáo dục và Đào tạo sau đó dùng tẩy, bút chì xóa đáp án sai và chọn đáp án đúng. Sáng hôm sau, Nga mang bài thi đã sửa đặt lại ở vị trí cũ. Nga và Thủy sau đó xóa toàn bộ ảnh các lô bài thi đã quét và tiến hành quét lại để lấy kết quả đối với các bài thi đã được sửa nâng điểm.
Chiều 30/6/2018, bà Nga tiếp tục nhờ ông Hưng cho vào phòng chứa bài thi để sửa bài. Tuy nhiên, hôm đó ông Hưng đi vắng nên chìa khóa được giao cho bị can Đinh Hải Sơn (nguyên Đội phó đội giáo dục, Phòng an ninh chính trị nội bộ). Khoảng 20h, Sơn mở cửa sắt tầng một và đưa chìa khóa phòng cho Nga để cùng Thuỷ và bị can Lò Văn Huynh (cựu Phó phòng Khảo thí Sở Giáo dục và Đào tạo Sơn La) vào rút bài thi mang về sửa đáp án. Tại nhà Thủy, bốn bị can đã nâng điểm cho 31 thí sinh.
Ngày 2/7/2018, bà Nga phát hiện có 4 bài thi Lịch sử đã sửa điểm song chưa cao theo yêu cầu "đặt hàng" nên đề nghị Thủy và Sọn tìm lại những bài này. Bà Nga trực tiếp sửa đáp án rồi quét lại bảng ảnh. Chiều 3/7/2018, Nga đồng ý sửa điểm cho một thí sinh ngay tại phòng làm việc của mình ở Sở Giáo dục theo đề nghị của Thủy.
Mỗi lần mang bài thi đã sửa quay lại phòng chứa tài liệu, Nga và đồng phạm đều xóa kết quả ảnh quét bài thi trước đó rồi quét lại ảnh mới. Khi quét lại các bài thi đã sửa đáp án, Nga còn sửa lại giờ hệ thống trên máy tính để phù hợp với thời gian quét bài thi trước đó.
Cơ quan An ninh điều tra đã trưng cầu Viện Khoa học hình sự (Bộ Công an) giám định và kết luận bài thi trắc nghiệm của 44 thí sinh đều bị tẩy xóa. Sau khi đề nghị Bộ Giáo dục và Đào tạo chấm thẩm định, 44 thí sinh đều bị hạ điểm. Trong số này, người bị hạ nhiều nhất tới 26,55 điểm cho ba môn, điểm thực tế chỉ là Toán 0 điểm, Vật Lý 0,25 điểm, Tiếng Anh 0,2 điểm.
5 thí sinh bị hạ trên 22 điểm với ba môn. Thí sinh có số điểm thấp nhất là 2,2 điểm cho một môn.
Với môn thi tự luận, bà Nga trực tiếp hướng dẫn Nguyễn Thanh Nhàn (cựu phó trưởng phòng khảo thí Sở Giáo dục và Đào tạo Sơn La) sử dụng phần mềm lập khoá phách vòng một (cắt phách, sắp xếp bài thi vào các túi theo thứ tự, đánh số túi bài thi) và một người khác lập khoá phách vòng 2 (thay đổi số túi bài thi đã được đánh trong lần khoá phách vòng một). Ngày 28/6/2018, Nga và Nhàn in toàn bộ dữ liệu khoá phách 2 vòng để phục vụ tra tìm bài thi của thí sinh có nhu cầu nâng điểm môn Ngữ văn.
Nga và Huynh sau đó tập hợp danh sách 8 thí sinh cần nâng điểm. Ngày 4/7/2018, khi có khóa phách của các thí sinh, Huynh chuyển cho một thành viên Ban thư ký Hội đồng thi để nhờ cán bộ chấm thi trực tiếp nâng điểm. 6 thí sinh được Nga, Nhàn, Huynh nâng điểm môn Ngữ Văn.
Ngày 18/7/2018, khi có thông tin Bộ Giáo dục và Đào tạo lên Sơn La kiểm tra, bị can Yến lo sợ ảnh quét bài thi ban đầu có thể được phục hồi nên bảo Nga tìm phần mềm xóa toàn bộ thùng rác trên máy tính. Trước khi xóa, Nga sao chép dữ liệu bài thi ra 16 đĩa CD. Khi làm việc với tổ công tác của Bộ Giáo dục, ông Yến biết hành vi xóa dữ liệu đã lộ nên mang đĩa CD ra nghĩa trang đốt.Bị can Nga khai đã thoả thuận nhận hơn một tỷ đồng để nâng điểm cho bốn thí sinh. Bị can Thuỷ khai đã nhận sửa bài thi nâng điểm cho 4 thí sinh với giá từ 150 đến 270 triệu đồng. Bị can Huynh khai thoả thuận với ông Nguyễn Minh Khoa (thành phố Sơn La) tiền nâng điểm cho mỗi thí sinh là 700 triệu đồng và đã được giao trước một tỷ đồng.
Tuy nhiên khi đối chất, phụ huynh của các thí sinh đều phủ nhận đã đưa tiền để nhờ sửa điểm. Cơ quan điều tra xác định số tiền trên là vụ lợi nên cần tịch thu theo quy định.
Theo kết luận điều tra bổ sung, Cơ quan An ninh sẽ tiếp tục điều tra các trường hợp có dấu hiệu sai phạm liên quan đến chấm thi tự luận ngữ văn, người trực tiếp, trung gian, người thân chuyển thông tin thí sinh để nhờ các bị can nâng điểm hoặc xem điểm thi.
Theo VKSND tỉnh Sơn La, đây mới là giai đoạn một của vụ án, cơ quan điều tra chủ yếu làm rõ hành vi sửa điểm bài thi trắc nghiệm và môn ngữ văn tự luận của 6 bị can cùng hành vi tiếp tay cho sai phạm của hai cựu cán bộ công an tỉnh... "Khi 8 bị can bị đề nghị truy tố, giai đoạn 2 của vụ án cũng bắt đầu mở ra", vị này nói.
Cơ quan An ninh điều tra (Công an tỉnh Sơn La) ra kết luận điều tra bổ sung vụ án gian lận điểm thi THPT năm 2018, đề nghị truy tố tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong thi hành công vụ với 8 bị can: Trần Xuân Yến (cựu phó giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La); Nguyễn Thị Hồng Nga (chuyên viên phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng); Cầm Thị Bun Sọn (cựu phó trưởng phòng Chính trị Tư tưởng); Đặng Hữu Thủy (cựu phó hiệu trưởng trường THPT Tô Hiệu); Lò Văn Huynh (cựu phó trưởng phòng Khảo thí Sở Giáo dục và Đào tạo Sơn La); Nguyễn Thanh Nhàn (cựu phó trưởng phòng khảo thí Sở Giáo dục và Đào tạo Sơn La); Đinh Hải Sơn (cựu thiếu tá, nguyên đội phó đội giáo dục, Phòng an ninh chính trị nội bộ); Đỗ Khắc Hưng (cựu trung tá, cán bộ phòng An ninh chính trị nội bộ).