Quyết định của Thủ tướng ban hành ngày 20/7 nêu, ông Nguyễn Văn Hiến bị xóa tư cách nguyên Thứ trưởng Quốc phòng do có những vi phạm, khuyết điểm rất nghiêm trọng trong thời gian công tác; và đã bị Ban chấp hành Trung ương khai trừ Đảng (tháng 5/2020).
Trước đó, tháng 6/2019, ông Hiến bị Bộ Chính trị cách các chức vụ: Ủy viên Đảng uỷ Quân sự Trung ương nhiệm kỳ 2005-2010; Ủy viên Ban chấp hành Đảng bộ Quân chủng Hải quân nhiệm kỳ 2005-2010 (gồm Phó bí thư Đảng uỷ, Ủy viên Ban thường vụ Đảng uỷ và Ủy viên Ban chấp hành Đảng bộ Quân chủng Hải quân nhiệm kỳ 2005-2010). Ba tháng sau, ông bị Thủ tướng xóa tư cách nguyên Tư lệnh Hải quân.
Theo thông báo của Bộ Chính trị, trong thời gian giữ cương vị Phó bí thư Đảng uỷ Tư lệnh Quân chủng Hải quân, ông Hiến chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng của Ban thường vụ Quân chủng Hải quân trong triển khai, tổ chức thực hiện nghị quyết của Ban thường vụ Đảng uỷ về công tác quản lý, sử dụng đất quốc phòng do Quân chủng Hải quân quản lý.
Ông Hiến cũng chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm của Quân chủng Hải quân và trách nhiệm cá nhân về vi phạm, khuyết điểm như: Thực hiện không đúng thẩm quyền, vi phạm các quy định pháp luật về quản lý, sử dụng đất đai, đầu tư xây dựng đối với 10 khu đất quốc phòng; vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ và quy chế làm việc của Đảng uỷ Quân chủng Hải quân; buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu trách nhiệm kiểm tra, giám sát trong công tác quản lý, sử dụng các khu đất quốc phòng.
Tháng 10/2019, Cơ quan Điều tra hình sự (Bộ Quốc phòng) phối hợp với Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương đã khởi tố bị can với ông Nguyên Văn Hiến, theo khoản 3 điều 360 Bộ luật Hình sự năm 2015 về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
Tại phiên xét xử sơ thẩm tháng 5/2020, Tòa án quân sự Quân chủng Hải quân tuyên phạt ông Hiến 4 năm tù về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng. Tại phiên phúc thẩm sau đó, ông Hiến được giảm án xuống còn 3 năm 6 tháng tù.