Chiều 13/7, sau ba ngày xét xử và nghị án, TAND Cấp cao tại Hà Nội chấp nhận một phần đơn kháng cáo và ra mức án như trên với ông Chung về tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, theo điều 281 Bộ luật Hình sự 1999. Cùng với hai bản án đã có hiệu lực pháp luật trước đó, toà buộc ông Chung phải chấp hành tổng hình phạt 12 năm tù, tính từ ngày bị bắt 28/8/2020.
Toà phúc thẩm cũng chấp nhận kháng cáo giảm nhẹ hình phạt, tuyên phạt bà Phạm Thị Thu Hường, cựu chánh Văn phòng Sở Kế hoạch và Đầu tư, 2 năm 8 tháng (sơ thẩm 42 tháng); Phạm Thị Kim Tuyến (cựu trưởng phòng Đăng ký kinh doanh Sở Kế hoạch và Đầu tư) 3 năm tù (sơ thẩm 4 năm 6 tháng). Cả hai cùng bị tuyên phạm tội Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng.
Về dân sự, toà ghi nhận bà Tuyến và Hường đã nộp khắc phục xong hậu quả, mỗi người hơn 3 tỷ đồng.
HĐXX đánh giá ông Chung đã lợi dụng chức vụ được giao để can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu, gây ảnh hưởng xấu đến lựa chọn nhà thầu, làm bức xức trong xã hội. Tuy nhiên tại phiên phúc thẩm, cưụ chủ tịch Hà Nội đã nhận trách nhiệm cá nhân nên được ghi nhận thêm tình tiết giảm nhẹ là thành khẩn khai báo.
Toà ghi nhận ông đã xuất trình nhiều giấy khen, bằng khen, giấy tờ thể hiện sự đóng góp với xã hội trong các hoạt động thiện nguyện; đang mắc bệnh hiểm nghèo phải chữa trị nên đồng ý giảm nhẹ hình phạt.
Theo toà phúc thẩm, án sơ thẩm đã tuyên với bà Tuyến và Hường là đúng và phù hợp. Tuy nhiên hai bà thực hiện hành vi phạm tội theo chỉ đạo của cấp trên và suốt quá trình điều tra, xét xử đã khai báo thành khẩn. Khi toà phúc thẩm diễn ra, hai bị cáo đã tác động với gia đình hoàn thành nghĩa vụ dân sự nên được xem xét giảm nhẹ.
Trong hai ngày xét xử trước đó, ông Chung liên tục kháng cáo kêu oan, phủ nhận tạo điều kiện cho Công ty Nhật Cường được dự thầu gói thầu số hoá tại Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội. Ông Chung khẳng định chỉ có mối quan hệ xã hội bình thường với ông chủ Nhật Cường từ thời ông còn làm trong ngành công an.
Về việc dừng thầu, ông Chung cho rằng nguyên nhân chính là hồ sơ mời thầu của Sở Kế hoạch và Đầu tư chưa đạt yêu cầu, có nhiều sai phạm, chưa thẩm định dự án. Ông từng rất nhiều lần yêu cầu Sở này dừng các dự án về công nghệ thông tin, chứ không phải đến khi đó mới yêu cầu. Ông khai, chỉ đạo theo đúng thẩm quyền và không phải để dọn đường như cáo buộc mà để dự án thực hiện đúng pháp luật, tiết kiệm và sử dụng hiệu quả ngân sách Nhà nước.
Đến cuối phiên xét xử thứ hai, cựu chủ tịch không kêu oan mà đồng tình với đề nghị giảm nhẹ hình phạt của VKS. Ông nói: "Tôi làm gì cũng luôn tuân thủ theo hiến pháp, pháp luật và nhận thấy hành vi của mình không đến mức bị xử lý nặng như vậy. Hơn nữa, tôi đang mắc bệnh hiểm nghèo - ung thư trực tràng di căn phổi nên quá mệt mỏi sau hai năm bị tạm giam. Tôi mong được đối xử công bằng để sớm khép lại vụ án".
Bị cáo Tuyến và Hường không chối tội song cho rằng không biết được hành vi của mình lại gây hậu quả lớn như vậy. Tuy nhiên, hai bà khai chỉ làm việc theo sự chỉ đạo và sức ép từ cấp trên, không có tư lợi.
Bản án xác định, từ năm 2016 đến 2018, Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội làm chủ đầu tư hai gói thầu số hóa hồ sơ đăng ký kinh doanh trên địa bàn. Khi Sở chuẩn bị đóng gói thầu năm 2016, theo nhờ vả của Tổng giám đốc Nhật Cường Bùi Quang Huy (đã bỏ trốn), ông Chung chỉ đạo Sở Kế hoạch và Đầu tư đình chỉ gói thầu vào phút chót.
Lúc mở thầu lại, Công ty Nhật Cường bố trí "quân xanh" nên trúng thầu cả hai gói thầu số hóa năm 2016 và năm 2017, nhưng đều bán lại cho Công ty Đông Kinh để hưởng lợi bất chính gần 20 tỷ đồng.
HĐXX xác định các bị cáo làm sai lệch kết quả lựa chọn nhà thầu; chỉ 45% tài liệu được đẩy lên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp, nhưng vẫn được Sở Kế hoạch và Đầu tư thanh toán 100% tiền công. Việc này gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 26 tỷ đồng.