Vụ án được Tòa án Quân sự Thủ đô xét xử vào ngày 31/5. Ngoài ông Sơn, 59 tuổi, cựu trung tướng, còn có 6 bị cáo là: Hoàng Văn Đồng (63 tuổi, cựu trung tướng, cựu chính ủy); Doãn Bảo Quyết (61 tuổi, cựu thiếu tướng, cựu phó chính ủy); Phạm Kim Hậu (59 tuổi, cựu thiếu tướng, cựu phó tư lệnh, cựu tham mưu trưởng); Bùi Trung Dũng (63 tuổi, cựu thiếu tướng, cựu phó tư lệnh); Nguyễn Văn Hưng (57 tuổi, cựu đại tá, cựu cục trưởng Kỹ thuật) và Bùi Văn Hòe (54 tuổi, cựu thượng tá, cựu phó phòng Tài chính).
Họ đều bị truy tố về tội Tham ô tài sản theo khoản 4 Điều 353 Bộ luật Hình sự - khung hình phạt cao nhất là tử hình. Trong đó, ông Sơn bị xác định vai trò "chủ mưu, khởi xướng", phải chịu trách nhiệm chính.
Có 8 luật sư bào chữa cho các bị cáo. Trong đó, ông Sơn có 2 luật sư, ông Đồng có 4 luật sư.
Tòa xác định Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển là bị hại trong vụ án; triệu tập 41 nhân chứng, trong đó có cán bộ đơn vị này.
Cáo trạng của VKS Quân sự Trung ương xác định, tháng 2/2019, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển dự toán ngân sách chi quản lý hành chính năm 2019, tổng 450 tỷ đồng. Trong đó, 150 tỷ đồng cho Cục Kỹ thuật để mua sắm vật tư, thiết bị. Tư lệnh Cảnh sát biển Nguyễn Văn Sơn gặp ông Hưng, Cục trưởng Kỹ thuật, đưa ra yêu cầu "khi mua sắm vật tư, thiết bị, phải rút ra 50 tỷ đồng để chuyển lại cho Bộ Tư lệnh sử dụng".
Nhằm tạo điều kiện cho việc rút ruột, ông Sơn chỉ đạo Phó phòng Tài chính Hòe cắt toàn bộ nguồn kinh phí bảo quản, sửa chữa trang bị của 4 Vùng Cảnh sát biển để phân bổ thêm 29 tỷ đồng cho Cục Kỹ thuật. Do đó, nguồn ngân sách cho Cục Kỹ thuật được tăng lên 179 tỷ đồng.
Đầu tháng 4/2019, tại phòng ăn của Thủ trưởng Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, ông Sơn trao đổi với 4 cấp dưới (trung tướng Đồng cùng 3 thiếu tướng Quyết, Hậu, Dũng) về kế hoạch "rút ruột" 50 tỷ đồng để ăn chia. Tất cả đồng ý và không có ý kiến gì khác.
Ông Hưng theo chỉ đạo của tướng Sơn, yêu cầu 6 trưởng phòng thuộc Cục Kỹ thuật phải rút lại 50 tỷ đồng, và phải xác định "đây là nhiệm vụ Thủ trưởng giao và phải hoàn thành". Ông Hưng giao "định mức" cụ thể cho 6 người - tức mỗi trưởng phòng phải rút ruột từ 50 triệu đồng đến 25 tỷ đồng, để đủ 50 tỷ ông Sơn yêu cầu.
Từ đầu tháng 12/2019 đến đầu tháng 1/2020, nhận đủ tiền từ các nhà thầu, 6 trưởng phòng nộp lại toàn bộ tiền cho ông Hưng để chuyển cho tướng Sơn. Việc giao nhận tiền đều được thực hiện tại phòng làm việc của ông Hưng và ông Sơn.
Sau khi nhận 50 tỷ đồng, tướng Sơn chia cho mình và Đồng, Hậu, Quyết, Dũng. Đến ngày 19/6/2020, ông Hậu làm đơn gửi cơ quan chức năng, kèm 2 file ghi âm phản ánh về tiêu cực, tham nhũng của bản thân và các đồng phạm. Đoàn kiểm tra của Bộ Quốc phòng, Ủy ban Kiểm tra Quân ủy Trung ương và Đoàn kiểm tra của Ủy ban Kiểm tra Trung ương vào cuộc xác minh. Tháng 9/2021, 5 người hưởng lợi tự nguyện nộp lại mỗi người 10 tỷ đồng để khắc phục toàn bộ hậu quả vụ án.
Với 6 Trưởng phòng thuộc Cục Kỹ thuật, nhà chức trách nhận định, hành vi của họ có dấu hiệu đồng phạm tội Tham ô tài sản nhưng các cán bộ này "có mối quan hệ lệ thuộc" các bị cáo, thực hiện mệnh lệnh cấp trên, không có động cơ vụ lợi và không biết số tiền 50 tỷ đồng sau đó bị chia cá nhân. Do đó, nhà chức trách không xử lý hình sự.
Thanh Lam