Ngày 16/5, ông Thuyết bị Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an (C03) khởi tố về tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng, theo điều 221 Bộ luật Hình sự. Cảnh sát chưa thông báo về sự có mặt của ông này tại Việt Nam.
Cùng tội danh, C03 khởi tố, tạm giam Nguyễn Nhật Linh (vợ Thuyết); Đỗ Thị Hoa, cựu kế toán trưởng Công ty Thành An Hà Nội; Nguyễn Quý Khái và Bùi Thị Mai Hương, Giám đốc và kế toán trưởng Công ty TNHH Thiết bị Y tế Danh.
Ngoài ra, C03 khởi tố, ra lệnh bắt tạm giam Phạm Thị Quỳnh Như, Giám đốc Công ty Cổ phần vật tư hóa chất và thiết bị Thành Phát; Nguyễn Thị Kim Dung, Giám đốc Công ty TNHH vật tư thiết bị Y tế An Bình Minh và Phạm Thị Thu Hà, chủ hộ kinh doanh cửa hàng Tuấn Phong để điều tra tội In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước, theo điều 203 Bộ luật Hình sự.
Ông Nguyễn Đăng Thuyết là một trong 8 người bị đưa ra xét xử nhưng vắng mặt trong vụ án AIC thông thầu, đưa nhận hối lộ xảy ra ở Đồng Nai.
Tuy nhiên, duy nhất ông Thuyết được tòa chấp nhận đơn xin xét xử vắng mặt từ Mỹ, không bị coi là bỏ trốn. Ông lĩnh 30 tháng tù về tội Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng. Ở vụ án này, bà Nhàn cũng đang trốn truy nã, bị tòa tuyên phạt 30 năm tù.
Điều tra ban đầu của C03 xác định, từ năm 2017 đến 2022, với mục đích che giấu doanh thu, lợi nhuận thực tế, giảm số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp, Thuyết và vợ đã chỉ đạo nhân viên dưới quyền sử dụng hai hệ thống sổ kế toán để hạch toán. Việc này bị đánh giá là trái quy định của pháp luật.
Trong đó, một hệ thống sổ kế toán nội bộ và một hệ thống sổ kế toán dùng để kê khai thuế quyết toán thuế hàng năm với nhà nước. Ông Thuyết còn bị cáo buộc chỉ đạo khai man số liệu kế toán, để ngoài sổ kế toán nhiều khoản doanh thu, chi phí, lợi nhuận. Vị cựu giám đốc còn chỉ đạo nhân viên mua hóa đơn đầu vào để nâng khống giá trị hàng hóa mua vào, làm giảm số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp, gây thiệt hại cho nhà nước trên 400 tỷ đồng.