Trên trang cá nhân, Lâm Khánh Chi chia sẻ khoảnh khắc con trai đang ngủ và viết: "Cu Bi ngủ giờ này vẫn chưa chịu dậy, hư quá đi. Mọi người thấy giống ai nhiều hơn?". Đây là lần đầu tiên cô đăng ảnh rõ mặt con trai Trần Huỳnh Thiên Long. Cậu bé gần năm tháng tuổi.
Lâm Khánh Chi chia sẻ thêm vợ chồng cô hạnh phúc nhưng gặp áp lực trong việc chăm sóc con. Gia đình nội, ngoại đều thương, giành phần nuôi bé nhưng cô muốn tự tay chăm sóc con để mẹ con có nhiều tình cảm. Cô giảm lịch chạy show để tranh thủ nhiều thời gian bên con đến khi bé cứng cáp.
Sau đám cưới hồi tháng 1 năm ngoái, Lâm Khánh Chi đã lên kế hoạch nhờ người mang thai hộ. "Tôi là người thích làm mọi thứ xong xuôi, chắc chắn rồi mới chia sẻ. Khi tôi nói đưa gia đình hai bên sang Thái Lan để làm thụ tinh ống nghiệm hồi tháng 8, thật ra em bé đã gần chào đời rồi", cô nói.
Lâm Khánh Chi kết hôn với bạn trai kém tám tuổi sau nhiều sóng gió trong chuyện tình cảm. Chồng cô tên Phi Hùng, sinh năm 1985, quê gốc Nam Định. Hai người yêu nhau hơn một năm, được gia đình hai bên ủng hộ. Họ làm đám cưới vào cuối năm 2017. Cả hai mở cửa hàng kinh doanh thời trang ở TP HCM. Lâm Khánh Chi từng ra mắt tự truyện có tên Lột xác, kể về hành trình chuyển giới và những cuộc tình của cô.