Bộ Giao thông vận tải cho biết, trong dự án có đề xuất xây dựng các cảng chưa có trong quy hoạch, Bộ Giao thông sẽ bổ sung.
Trong khi đó, Bộ Tài nguyên & Môi trường cho rằng dự án là cần thiết song cần có đánh giá chi tiết tác động đến tài nguyên nước, chất lượng nước, biến đổi lòng song, trước khi xây dựng các công trình đầu mối như đập dậng nước, hệ thống cảng thủy nội địa và công trình thủy điện trên sông Hồng đoạn từ Lào Cai đến Việt Trì. Có các biện pháp chống sạt lở đất hai bờ và quy hoạch nhu cầu sử dụng đất của dự án. Các khoáng sản như cát, sỏi trong quá trình nạo vét cần được nộp lại cho Nhà nước theo quy định.
Bộ Nông nghiệp & Phát triển nông thôn yêu cầu dự án làm rõ tác động đến ngập lụt thượng lưu, khả năng thoát lũ, bồi lắng trước công trình, xói sau công trình, an toàn hệ thống đê điều, tiêu thoát nước, lấy nước của hệ thống công trình thủy lợi hai bên bờ sông, tác động đến mất cân bằng cát vùng hạ du do lương bùn cát được giữ lại khi có công trình, tác động đến nông nghiệp, đất rừng, di dân tái định cư. Dự án còn phải tính đến quy hoạch tài nguyên nước lưu vực sông, quy hoạch phát triển điện lực.
Bộ Quốc phòng thống nhất về chủ trương đầu tư, quá trình thực hiện phải phối hợp chặt chẽ với Bộ Tư lệnh Quân khu 2, Bộ chỉ huy quân sự các tỉnh Phú Thọ, Yên Bái, Lào Cai để giải quyết các nội dung có liên quan đến nhiệm vụ quân sự, quốc phòng trên địa bàn.
Bộ Xây dựng đánh giá việc xây dựng thủy điện và âu tàu, nhà máy thủy điện có nhiều tác động đến môi trường, dòng chảy, hệ sinh thía bên bờ sông Hồng, ảnh hưởng đến thủy lợi, tiêu thoát lũ…Vì vậy, cần đề ra phương án những phát sinh thực tế.
Bộ Công Thương cho rằng đây là dự án xây dựng hệ thống giao thông thủy kế hợp với thủy điện, thực hiện theo hình thức BOO là phù hợp với chủ trương đầu tư của toàn xã hội. Về việc kết hợp khai thác thủy điện tại các đập trong dự án, Bộ Công Thương ủng hộ chủ trương. Bộ sẽ xem xét đưa các nhà máy thủy điện trong dự án vào quy hoạch phát triển điện lực chung.
Tuy vậy, cơ quan này cũng nhấn mạnh dự án cần quan tâm đến thủy văn, quy mô mực nước thượng- hạ lưu, các thống số thủy năng, phương án đầu mối điện, tiến độ dự kiến đưa vào vận hành và hiệu quả kinh tế của các nhà máy thủy điện này. Tập đoàn Điện lực Việt Nam cho biết, dự án chưa có phân tích về điều kiện tự nhiên đoạn sông Hồng, chưa khảo sát địa chất – địa hình, thủy văn, đấu nối lưới điện, kèm theo đánh giá về dòng chảy…nên chưa thể góp ý về sự cần thiết của 6 nhà máy điện. Hơn nữa, dự án chưa có trong quy hoạch lưới điện quốc gia.
Bộ Tài Chính băn khoăn việc xây dựng thủy điện yêu cầu kỹ thuật, an toàn nghiêm ngặt, do đó việc kết hợp công trình này với các cảng giao thương cần đánh giá tác động qua lại, rủi ro, có phương án giải quyết khi xảy ra sự cố. Ngoài ra, cần đánh giá tác động của địa chấn đập đầu mối đến các cầu hiện có nhằm đảm bảo an toàn khi lưu thông trên các tuyến cầu.
Về tổng mức đầu tư, hồ sơ dự án báo cáo tổng mức 24.510 tỷ đồng, trong đó vốn tự có của doanh nghiệp là 30% tức khoảng 7.353 tỷ đồng mà Xuân Thiện chỉ có vốn điều lệ 1.200 tỷ. Vì vậy, nhà đầu tư cần chứng minh năng lực tài chính, phương án và khả năng huy động vốn chủ sở hữu để thực hiện.
Đối với nguồn thu từ bán điện giai đoạn 2021-2026 là 1.900 đồng/KWh và tăng dần trong các năm tiếp theo. Theo quy hoạch phát triển điện lực quốc gia, giai đoạn 2020-2030, cơ cấu nguồn điện theo hướng thủy điện giảm dần, nguồn nhiệt điện than và điện tái tạo sẽ tăng lên, đồng thời ưu tiên vận hành nhà máy nhiệt điện than khu vực miền Bắc. Điều này đồng nghĩa với giá bán điện nguồn thủy điện sẽ cạnh tranh gay gắt hơn. Nhà đầu tư có thể đứng trước rủi ro không bán được điện do không cạnh tranh được về giá, không đảm bảo hiệu quả dự án.
Về ưu đãi mà Xuân Thiện đề xuất, Bộ Tài chính cho rằng việc hỗ trợ cơ chế giá bán điện đặc thù cho dự án cần nghiên cứu thêm bởi theo chủ trương của Chính phủ, giá điện được thực hiện theo thị trường cạnh tranh, ưu tiên huy động nguồn điện giá rẻ, thu mua từ thấp đến cao.
Về việc thu phí trên các luồng tuyến, nếu dự án được phê duyệt, Bộ Tài chính sẽ thẩm định và ban hành thông tư về mức thu, đối tượng không thu… Dù được đầu tư hơn 1 tỷ USD, song Bộ Tài chính lại nhận định dự án không đảm bảo khả năng tự hoàn vốn. Dự án được xây dựng sẽ góp phần phát triển kinh tế-xã hội vùng núi phía Bắc vì vậy nếu được chấp thuận Bộ Tài Chính đề nghị các bộ ngành xây dựng cơ chế đặc thù cho dự án để đảm bảo tính khả thi.