Gần một tháng sau khi toà án trả hồ sơ yêu cầu xem xét lại tội danh, cuối tháng 10, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh đã hoàn tất kết luận điều tra với hai bị cáo liên quan vụ nhắn tin đe doạ Chủ tịch và Giám đốc Công an tỉnh.
Theo đó, cơ quan công an chuyển tội danh khởi tố với bị can Nguyễn Trọng Phương từ "Khủng bố" sang "Đe doạ giết người". Người thứ hai liên quan vụ án là Trần Anh Thuận được đình chỉ điều tra tội "Không tố giác tội phạm" do được đánh giá vì chuyển biến của tình hình nên hành vi không còn nguy hiểm cho xã hội.
Thuận và Phương (từ trái qua) tại phiên sơ thẩm ngày 26/9.
Theo kết luận điều tra bổ sung, tháng 6/2014, Phương thành lập Công ty TNHH Song Lộc Miền Bắc, xin chủ trương của UBND tỉnh Bắc Ninh về việc nạo vét sông Đuống nhưng không được. Trong khi đó, Phương biết Công ty trục vớt luồng hạ lưu do ông Ngô Thành Sơn làm Chủ tịch HĐQT vẫn được cấp phép nạo vét sông Cầu tại địa phận tỉnh Bắc Giang.
Cho rằng có sự thiên vị, Phương lập kế hoạch đến khu vực nhà ông Sơn để nhắn tin đe dọa ông Nguyễn Tử Quỳnh (Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh) và ông Phạm Hồng Sơn (Giám đốc Công an tỉnh Bắc Ninh) với mưu đồ đổ vạ cho ông Sơn.
Phương tìm đến đối thủ của ông Sơn là Thuận - Phó giám đốc Công ty cổ phần xuất nhập khẩu Khánh Nguyên lôi kéo vào vụ việc. Ngày 16/1, Phương hướng dẫn cách Thuận nhắn tin đe dọa Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh và Giám đốc Công an tỉnh Bắc Ninh. Tuy nhiên, Thuận không đồng tình.
Khoảng 22h30 ngày 23/1, tại khu vực nhà anh Sơn, Phương kích hoạt sim điện thoại, nhắn 10 tin gửi đến số máy của ông Nguyễn Tử Quỳnh và Phạm Hồng Sơn với nội dung đe dọa, khủng bố tinh thần.
Trong hàng chục tin nhắn đe dọa ông Quỳnh, Phương còn nhắc tới vụ hai lãnh đạo tỉnh Yên Bái bị bắn chết, ám chỉ "ông biết vụ Yên Bái như thế nào rồi nhỉ" để tăng thêm tính đe dọa.
Cuối tháng 9, phiên toà xét xử hai bị cáo đã phải tạm dừng do HĐXX trả hồ sơ, yêu cầu điều tra lại.