iPhone 13 Pro (trái) không có nhiều khác biệt về thiết kế so với iPhone 12 Pro. Những thay đổi lớn, hầu hết nằm ở màn hình. Có cùng kích thước 6,1 inch tấm nền Super Retina XDR OLED, độ phân giải 1.170 x 2.532 pixel nhưng màn hình của iPhone 13 Pro có tần số quét cao 120 Hz trong khi bản cũ chỉ là 60 Hz. Một thay đổi nhỏ khác về thông số là model mới có độ sáng nhỉnh hơn là 1.000 nit so với 800 nit.
"Tai thỏ" là khác biệt lớn nhất của màn hình khi phần khuyết của iPhone 13 Pro (trái) nhỏ hơn bản cũ 20%. Thiết kế này giúp hiển thị nhiều thông tin ở hai cột bên. Tuy nhiên, iOS 15 chưa giúp hiện thực hóa ưu điểm này khi các thông số mạng, pin (không có hiển thị %) tương tự giữa hai máy. Loa thoại cũng được thiết kế lại khi model mới đưa về gần cạnh trên, bỏ thiết kế màng loa nổi lên hẳn phía trên như cũ.
Có pin dung lượng cao hơn và camera lớn hơn nên iPhone 13 Pro (trái) nặng hơn với 204 gram so với 189 gram của bản cũ. Các tiêu chuẩn về mặt kính cường lực trước và sau, khung kim loại và chống nước chuẩn IP68 là tương đồng. Với phiên bản màu vàng, logo Apple cho cảm giác bị nhạt màu, kém nổi bật khi nhìn dưới ánh sáng ngoài trời.
Cụm camera là thay đổi về thiết kế dễ nhận thấy nhất ở mặt sau. iPhone 13 Pro có camera lớn hơn đáng kể và cho cảm giác hơi thô khi mới sử dụng. Cách bố trí các camera giống bản cũ với một góc rộng tiêu chuẩn, một siêu rộng và một cho tele. Camera chính của iPhone 13 Pro có kích thước điểm ảnh lớn hơn (1,9 micromet so với 1,4 micromet), thêm chống rung trên cảm biến. Camera tele của model mới tăng tiêu cự từ 52 mm lên 77 mm (từ zoom quang 2x thành 3x) nhưng độ mở lại giảm từ f/2.0 còn f/2.8. Camera góc siêu rộng nâng cấp nhẹ từ độ mở f/2.4 lên f/1.8, giữ nguyên góc 120 độ.
Camera của iPhone 13 Pro cũng lồi hơn đáng kể so với bản cũ. Khi để trên mặt bàn, máy kênh rất rõ và ảnh hưởng nhiều tới trải nghiệm sử dụng, dễ bị xước camera và không thuận mắt.
Ngoài thông số nâng cấp, model mới cũng có thêm chế độ chụp Điện ảnh (Cinematic) và khả năng chụp macro từ khoảng cách gần 2 cm - tính năng đã có từ lâu trên các smartphone Android cao cấp và cận cao cấp.
Thiết kế cạnh dưới không có bất kỳ sự khác biệt nào với giắc cắm lightning và loa ngoài, microphone. Cả hai đều hỗ trợ sạc nhanh 20 W nhưng không có củ sạc trong phụ kiện đi kèm. Pin của iPhone 13 Pro tốt hơn với dung lượng 3.095 mAh so với 2.815 mAh. Cả hai đều hỗ trợ sạc nhanh không dây 15 W.
Thiết kế cạnh bên thay đổi khi iPhone 13 Pro (màu vàng) đặt khay sim lên gần phím tăng giảm âm lượng hơn. Công nghệ kết nối của hai máy cũng tương đồng bao gồm Wi-Fi chuẩn 6, Bluetooth 5.0, riêng GPS của iPhone 13 Pro hỗ trợ thêm BDS.
Cạnh phải cũng có sự thay đổi nhẹ về vị trí khi nút nguồn của iPhone 13 Pro được lùi xuống phía dưới hơn. Model mới có bốn màu để lựa chọn là xám than chì, vàng, bạc và xanh (nhạt hơn màu của bản cũ) trong khi iPhone 12 Pro là xám than chì, bạc, vàng và xanh.