Ngày 11/11, ông Cường bị Cơ quan An ninh điều tra (Bộ Công an) đề nghị truy tố về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, theo điều 360 Bộ luật Hình sự. Quyết định khởi tố ông Cường được cơ quan điều tra thực hiện hôm 4/11 theo yêu cầu của Vụ 3 VKSND Tối cao sau hai lần giữ nguyên quan điểm "chưa đến mức phải chịu trách nhiệm hình sự".
Theo kết luận điều tra bổ sung lần 2, hồ sơ xin cấp số đăng ký 2 loại thuốc H2K H2K Levofloxacin và H2K Ciprofloxacin (thuốc kháng sinh) mang nhãn mác Health 2000 không đảm bảo hồ sơ pháp lý nhưng thuộc cấp của ông Cường đã tự ý thẩm định lại hồ sơ, đề nghị cấp số đăng ký thuốc không đúng quy định. Từ đây, hai loại thuốc được VN Pharma sử dụng số đăng ký để nhập khẩu.
Năm 2014, nhiều phản ánh Health 2000 Canada có nguồn gốc, xuất xứ không rõ ràng bắt đầu xuất hiện. Cục Quản lý Dược đã xác minh tại các công ty dược của Canada về Health 2000. Trong khi chờ kết quả, Cục cũng đề nghị Tổng cục Hải quan tạm ngừng nhập khẩu các sản phẩm của Health 2000, đề nghị Cục An ninh Chính trị nội bộ (Bộ Công an) phối hợp xác minh.
Cơ quan điều tra đánh giá, ông Cường có một số chỉ đạo nhưng lại không kịp thời đình chỉ lưu hành, thu hồi thuốc. Từ đó, 4 trong 7 loại thuốc kháng sinh mang nhãn mác Health 2000 (tổng giá trị trên 3,7 tỷ đồng) tiếp tục được sử dụng trong điều trị.
Cơ quan điều tra cáo buộc ông Cường với vai trò là cục trưởng kiêm phó chủ tịch thường trực hội đồng xét duyệt cấp số đăng ký thuốc phải chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng và pháp luật về mọi hoạt động sai phạm. Ông có dấu hiệu chưa làm hết trách nhiệm với vai trò người đứng đầu, "gây thiệt hại hơn 50,6 tỷ đồng".
Người tiền nhiệm của ông Cường ở Cục Quản lý Dược Bộ Y tế, ông Cao Minh Quang (cựu thứ trưởng Bộ Y tế) bị xác định là người liên quan trong vụ án. Ông Quang khi là Thứ trưởng Bộ Y tế, Chủ tịch Hội đồng xét duyệt đã trực tiếp chủ trì họp xét duyệt, xem xét biên bản thẩm định, ý kiến của chuyên gia và thành viên hội đồng để đưa ra quyết định cấp số đăng ký cho 2 loại thuốc H2K nhãn mác Health 2000.
Ông Quang bị cơ quan điều tra xác định đã thiếu trách nhiệm khi xem biên bản thẩm định, xem xét lại hồ sơ khi biên bản thẩm định có dấu hiệu tẩy xóa, thay đổi ý kiến. Hồ sơ chưa đúng trình tự song ông vẫn đồng ý đưa ra họp và quyết định cấp số đăng ký cho 2 loại thuốc này.
Như ông Cường, hành vi của ông Quang cũng dẫn đến hậu quả VN Pharma sử dụng số đăng ký để nhập khẩu vào Việt Nam. Ông Quang còn có trách nhiệm trong việc ban hành các quy trình, quy chế về thẩm định cấp số đăng ký thuốc giai đoạn 2005-2010, kết luận điều tra nêu.
Theo cơ quan điều tra, sai phạm của ông Quang có dấu hiệu phạm tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng, vi phạm Pháp lệnh Lãnh sự năm 1990 của Bộ Ngoại giao. Cơ quan An ninh điều tra đã lấy lời khai người liên quan và có văn bản đề nghị Bộ Y tế làm rõ nhưng đến nay chưa có kết quả. Khi nào Bộ Y tế trả lời, cơ quan điều tra sẽ chuyển đến VKSND Tối cao để xử lý theo quy định.
Ông Quang giữ cương vị Cục trưởng từ 2004 đến năm 2007, sau đó làm thứ trưởng Bộ Y tế đến năm 2013. Ông Cường kế nhiệm từ năm 2007 đến tháng 11/2016, sau đó làm Thứ trưởng Bộ Y tế cho đến khi bị khởi tố (4/11).
Vụ án liên quan sai phạm của Cục Quản lý Dược xuất phát từ việc Chủ tịch Công ty Pharma Nguyễn Minh Hùng thoả thuận với Võ Mạnh Cường (Giám đốc Công ty H&C) mua 838.000 hộp, 4 loại thuốc mang nhãn mác Health 2000 Canada giả về nguồn gốc, xuất xứ để nhập khẩu, tiêu thụ. Lô hàng trị giá hơn 54 tỷ đồng.
Kết luận điều tra cáo buộc hai bị can cùng nhau chỉnh sửa thông tin, giá thuốc trên hóa đơn để phù hợp với giá đã nâng khống trên các hợp đồng giữa VN Pharma ký với Aust Hong Kong. Nhóm này cũng chỉnh sửa logo của Helix thành logo của Health 2000 nhằm mục đích thay đổi nguồn gốc, xuất xứ thành thuốc do Health 2000 sản xuất, phù hợp với visa mà Cục Quản lý Dược đã cấp.
Sau khi hàng trên được thông quan, VN Pharma đã bán 624.000 hộp cho các doanh nghiệp, bệnh viện, nhà thuốc.
Liên quan vụ án, Cơ quan điều tra đề nghị truy tố Lê Đình Thanh (cựu cán bộ hải quan TP HCM) và Nguyễn Việt Hùng (nguyên Cục phó Quản lý Dược) về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
Bà Nguyễn Thị Thu Thủy (cựu phó phòng của Cục Quản lý Dược), Phạm Hồng Châu (cựu trưởng phòng đăng ký thuốc Cục Quản lý Dược) bị đề nghị truy tố về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Bà Châu ban đầu bị Cơ quan điều tra đề nghị truy tố tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng song Vụ 3 VKSND Tối cao đã thay đổi quyết định tội danh.
9 người khác bị đề nghị truy tố về tội Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh, trong đó có Nguyễn Minh Hùng (cựu Chủ tịch HĐQT, Tổng giám đốc Công ty cổ phần VN Pharma) và Võ Mạnh Cường (cựu Giám đốc công ty H&C).
Trước đó, giai đoạn 1 của vụ án buôn bán thuốc giả xảy ra tại VN Pharma đã được xét xử tại TAND TP HCM. Võ Mạnh Cường bị phạt 20 năm tù, Nguyễn Minh Hùng 17 năm; các bị cáo khác nhận mức án từ 3 năm tù treo đến 12 năm tù với cáo buộc buôn bán thuốc giả là H-Capita 500 mg.