Dù Mạc Mậu Hợp và sau đó là Mạc Toàn bị bắt và giết, nhà Mạc chưa bị tiêu diệt hết.
Dấu tích thành nhà Mạc ở Lạng Sơn. Ảnh: Hồng Vân
Theo Đại Việt sử ký toàn thư, đến đầu thế kỷ 17, các vùng như Thái Nguyên, Lạng Sơn, Cao Bằng vẫn thuộc quyền quản lý của nhiều người thân thuộc nhà Mạc như Mạc Kính Chỉ, Mạc Kính Cung, Mạc Kính Khoan. Tại các khu vực này, chiến trận tiếp diễn trong nhiều năm và nhân dân vẫn phải chịu cảnh lầm than.
Nhà Minh, vì muốn duy trì thế Nam - Bắc triều ở Việt Nam nên can thiệp để họ Mạc được cát cứ ở Cao Bằng. Khi nhà Minh mất (1644), tàn dư nhà Minh vẫn ủng hộ họ Mạc. Họ Mạc nối nhau trấn giữ ở đây trong nhiều năm, đến con Kính Khoan và Kính Vũ. Mãi đến khi nhà Minh về hẳn tay nhà Thanh, họ Trịnh mới ra tay dẹp họ Mạc. Tới năm 1677, việc trấn giữ Cao Bằng của họ Mạc chấm dứt.
Ngày nay, thành nhà Mạc vẫn còn dấu tích ở Lạng Sơn, Cao Bằng.