Khánh Hòa có 6 đầm và vịnh lớn, đó là Đại Lãnh, vịnh Vân Phong, Hòn Khói, đầm Nha Phu, vịnh Nha Trang và vịnh Cam Ranh. Trong đó, Vân Phong là vịnh biển lớn nhất.
Tổng diện tích của vịnh Vân Phong là 503 km2, độ sâu trung bình trên 10 m, nơi sâu nhất trên 30 m. Vùng vịnh Vân Phong cùng bãi biển Ðại Lãnh, vùng núi Sơn Tập - Trại Thơm, bãi biển Dốc Lết, có tiềm năng du lịch tổng hợp biển - rừng - núi lớn nhất tỉnh Khánh Hòa và cả nước. Đây là ưu thế giúp Vân Phong có thế mạnh phát triển du lịch sinh thái. Vùng vịnh này được Hiệp hội Biển thế giới xếp vào danh sách 4 vị trí du lịch biển lý tưởng nhất hiện nay.
Nha Trang là vịnh biển lớn thứ hai với diện tích khoảng 400 km2. Phía đông và phía nam vịnh được giới hạn bằng một vòng cung các đảo. Lớn nhất là đảo Hòn Tre (còn gọi là Hòn Lớn) có diện tích khoảng 30 km2. Trên đảo có những địa điểm du lịch nổi tiếng như: Bãi Trũ, Bãi Tre, Hồ cá Trí Nguyên (Hòn Miếu); Hòn