Sinh ra và lớn lên ở Tĩnh Gia, Thanh Hóa, nhưng làng Tùng Châu (nay thuộc xã Hoài Thanh Tây, huyện Hoài Nhơn, Bình Định) mới là nơi hun đúc thêm tài năng và ý chí của Đào Duy Từ, giúp ông bắt đầu sự nghiệp lớn. Vì vậy, năm 1634, khi ông qua đời do bệnh nặng, chúa Nguyễn đã cho đưa thi hài về mai táng và lập đền thờ tại đây.
Năm 1805, dưới thời vua Gia Long, nhà Nguyễn xét công trạng khai quốc công thần, Đào Duy Từ được xếp hàng đầu, được cấp 15 mẫu tự điền và sáu người trông coi phần mộ. Đến năm 1836, dưới thời vua Minh Mạng, triều đình lại sai dân sở tại sửa chữa lăng mộ cho ông. Trải qua thời gian và chiến tranh, lăng mộ Đào Duy Từ đã bị hư hại nhiều.
Ngày nay, tên của Đào Duy Từ được đặt cho nhiều đường phố, trường học khắp cả nước như một cách để tưởng nhớ công lao của ông.