Trong Đại Việt sử ký tiền biên, sử thần Ngô Thì Sĩ nhắc đến việc thờ các quan triều Trần trong Văn Miếu. Khoảng thế kỷ 18, Trương Hán Siêu và Đỗ Tử Bình không còn được tiếp tục thờ ở miếu Khổng Tử này. Duy nhất Chu Văn An được phối thờ tại giải vũ phía tây nhà Văn Miếu cùng với Thất thập nhị hiền (72 học trò giỏi của Khổng Tử).
Việc thờ tự Chu Văn An trong Văn Miếu, theo nghiên cứu của tác giả Đỗ Thị Hương Thảo (Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn), cũng bị đứt đoạn một thời gian. Ở triều Nguyễn (thế kỷ 19), Thăng Long không còn là kinh đô nên Văn Miếu Thăng Long phải thờ tự theo khuôn mẫu của Văn Miếu Huế (Huế là kinh đô Việt Nam bấy giờ). Văn Miếu Huế không thờ Chu Văn An, do đó việc thờ tự thầy giáo nổi tiếng triều Trần bị chấm dứt vào năm 1809, sau gần 5 thế kỷ.
Đến năm 1837, thời vua Minh Mệnh, Chu Văn An lại được xếp vào hàng tiên hiền, tiên nho, được thờ tại Văn Miếu Huế. Sách Đại Nam thực lục không nói rõ lúc này Văn Miếu Thăng Long có thờ lại danh sư nhà Trần. Dù vậy, hiện nay người thầy mẫu mực Chu Văn An được thờ ở di tích quốc gia đặc biệt, Văn Miếu - Quốc Tử Giám.
Quỳnh Trang